กรณีบริษัท อุตสาหกรรมผลิตน้ำตาลบ้านไร่ จำกัด ซึ่งเป็นผู้ครอบครองหนังสือรับรองการทำประโยชน์เลขที่ 3230 เล่ม 33 ก หน้า 30 เลขที่ดิน 55 ตำบลทัพหลวง อำเภอบ้านไร่ จังหวัดอุทัยธานี จำนวน 328 ไร่ โดยการรวม น.ส.3กหลายฉบับเข้าด้วยกัน ตั้งอยู่ในเขตป่าสงวนแห่งชาติ ซึ่ง พ.ร.บ.ป่าสงวนแห่งชาติ พ.ศ. 2507 ได้ประกาศให้ป่าเขาพุวันดี ป่าห้วยกระเสียว และป่าเขาราวเทียน ในท้องที่ตำบลบ้านไร่ ตำบลหนองจอก และตำบลทัพหลวง อำเภอบ้านไร่ จังหวัดอุทัยธานี ภายในแนวเขตตามแผนที่ท้ายกฎกระทรวงนี้ เป็นป่าสงวนแห่งชาติทั้งตำบล
แม้ว่าเจ้าของที่ดินจะถือครองเอกสารสิทธิ์ น.ส. 3 ก มาก่อนที่ พ.ร.บ.ป่าสงวนแห่งชาติ
พ.ศ.2507 จะประกาศใช้ แต่ต่อมาคณะรัฐมนตรีมีมติให้ป่าสงวนแห่งชาติตามกฎกระทรวงดังกล่าว เป็นพื้นที่ป่าไม้ถาวรเมื่อวันที่ 16 ธันวาคม 2513 พื้นที่ดังกล่าวจึงไม่สามารถออกโฉนดที่ดิน หรือออกหนังสือรับรองการทำประโยชน์ได้ ตามประมวลกฎหมายที่ดิน มาตรา 58 ซึ่งเป็นพื้นที่ต้องห้าม
ธนารัตน์ บอกว่า จากข้อเท็จจริงดังกล่าวทำให้เชื่อได้ว่าโรงงานอุตสาหกรรมน้ำตาลบ้านไร่ ประกอบกิจการอยู่ในเขตป่าสงวนแห่งชาติ ซึ่งอาจเป็นความผิดฐานบุกรุกป่าสงวนแห่งชาติ ซึ่งเจ้าหน้าที่กรมที่ดินที่เกี่ยวข้อง ย่อมมีความผิดกรณีออกหนังสือรับรองการทำประโยชน์ให้โรงงานอุตสาหกรรมน้ำตาลบ้านไร่โดยมิชอบด้วยกฎหมาย ซึ่งที่ผ่านมากรมป่าไม้ ได้ทำหนังสือที่ กษ 0705.05/8786 ลงวันที่ 12 เมษายน 2544 ถึงกรมที่ดิน ขอให้เพิกถอนเอกสารสิทธิ์ดังกล่าว ตามมาตรา 61 แห่งประมวลกฎหมายที่ดิน แต่ปัจจุบันกรมที่ดินยังไม่ได้ดำเนินการให้เป็นไปตามกฎหมายแต่อย่างใด ซึ่งอาจถือเป็นการปฏิบัติ หรือละเว้นการปฏิบัติหน้าที่โดยมิชอบ จึงต้องยื่นหนังสือร้องเรียนต่อคณะกรรมาธิการ ป.ป.ช. ให้ตรวจสอบการดำเนินการของเจ้าหน้าที่กรมที่ดิน และเพิกถอนโฉนดที่ดิน หรือหนังสือรับรองการทำประโยชน์ของบริษัทให้กลับมาเป็นสมบัติของชาติและแผ่นดินต่อไป
ซึ่งก่อนหน้านี้ธนารัตน์ได้ยื่นหนังสือร้องเรียนต่อคณะกรรมาธิการกฎหมาย ให้ตรวจสอบกรณีคนงานตกรางส่งอ้อยเสียชีวิตในโรงงานน้ำตาล อำเภอบ้านไร่ จังหวัดอุทัยธานี