ขณะเดียวกันยังยื่นเรียกร้องค่าเสียหายเป็นวงเงินประมาณ 700 ล้านบาทกับกรมที่ดิน ซึ่งเป็นการประเมินจากรายได้ที่การรถไฟฯ ต้องสูญเสียไป ไม่รวมดอกเบี้ยจากการที่กรมที่ดินไม่เพิกถอนเอกสารสิทธิ์นับตั้งแต่วันที่มีคำพิพากษาศาลฎีกา
ปัจจุบัน ที่ดินที่การรถไฟฯ ได้ยื่นให้ศาลปกครองตรวจสอบการออกเอกสารสิทธิมีทั้งหมด 5,083 ไร่ มีผู้ถือครองเอกสารสิทธิ์ประมาณ 900 ราย แบ่งเป็นโฉนดที่ดินจำนวน 700 ราย ที่มีการครอบครอง (ท.ค.) จำนวน 19 ราย น.ส.3ก. จำนวน 7 ราย หนังสือสำคัญสำหรับที่หลวง (น.ส.ล.) จำนวน 1 ราย ทางสาธารณประโยชน์ จำนวน 53 แปลง และอื่นๆ ที่ไม่ปรากกฎเลขที่ดินในระวางแผนที่อีกจำนวน 129 แปลง
ยืนยันว่าพร้อมจะดำเนินการนำที่ดินทั้งหมดกลับมาเป็นทรัพย์สินของการรถไฟฯ แต่จะไม่ฟ้องร้องตรงต่อประชาชน โดยหลังจากนี้จะต้องรอคำพิพากษาของศาลปกครองให้มีคำวินิจฉัยถึงที่สุด
สำหรับแนวทางแก้ปัญหาการบุกรุกเข้าใช้ประโยชน์ที่ดินของการรถไฟ ฯ มีด้วยกัน 2 รูปแบบ คือ การบุกรุกที่ดินแบบไม่มีเอกสารสิทธิ์ และการเข้าไปใช้ประโยชน์ โดยมีเอกสารสิทธิ์ทับซ้อนกับที่ดินรถไฟ ซึ่งจะมีการดำเนินการแก้ไขที่แตกต่างกัน โดยปัจจุบันมีกรณีผู้บุกรุกเข้าครอบครองที่ดินรถไฟฯ โดยไม่มีเอกสารสิทธิ์ทั่วประเทศ 18,822 ราย ประกอบด้วย พื้นที่กรุงเทพฯและปริมณฑล 1,538 ราย สามจังหวัดชายแดนภาคใต้ 911 ราย นครราชสีมา ขอนแก่น ศรีสะเกษ และจังหวัดอื่นรวม 3,045 ราย และพื้นที่อื่นๆ 12,459 ราย ซึ่งในจำนวนนี้ได้รวมถึงกรณีชาวบ้าน 100 ครัวเรือนที่เข้าไปใช้ประโยชน์ที่ดินบริเวณริมทางรถไฟมักกะสันโดยไม่ได้รับอนุญาตด้วย ซึ่งการรถไฟฯ ได้ดำเนินการตามกฎหมาย โดยมีการเจรจากับผู้บุกรุกเพื่อขอคืนพื้นที่ดังกล่าว เพื่อนำไปใช้ก่อสร้างโครงการรถไฟฟ้าความเร็วสูงเชื่อมสามสนามบินแล้ว
ส่วนอีกกลุ่มกรณีผู้ถือเอกสารสิทธิ์ทับซ้อนกับที่ดินรถไฟ โดยมีการออกเอกสารสิทธิที่ดินเป็นเอกสารราชการอย่างถูกต้อง และอาศัยอยู่โดยสุจริตจำนวน 1,137 ราย ประกอบด้วย พังงา-ท่านุ่น 20 ราย อรัญประเทศ จ.สระแก้ว 15 ราย บ้านโพธิ์มูล จ.อุบลราชธานี 2 ราย เขากระโดงจ.บุรีรัมย์ 900 ราย และพื้นที่อื่นๆ 200 ราย ซึ่งในส่วนนี้การรถไฟฯ จะไม่ดำเนินการกับผู้ถือเอกสารสิทธิ์เหมือนกับกลุ่มผู้บุกรุก เพราะการรถไฟฯ มองว่าประชาชนที่ถือเอกสารสิทธิ์ในที่ดินที่ออกโดยทางราชการ และอาศัยอยู่ในที่ดินตามเอกสารสิทธิ์ดังกล่าว ยังเป็นผู้อาศัยอยู่ในที่ดินโดยสุจริต
ผู้ว่าการ การรถไฟฯ ย้ำว่า ได้ดำเนินการแก้ไขปัญหาการบุกรุกที่ดินต่างๆ โดยยึดหลักจริยธรรม และหลักธรรมาภิบาล เพื่อความถูกต้อง โปร่งใส ตามระเบียบขั้นตอนของกฎหมาย และดำเนินการกับผู้บุกรุกทั่วประเทศด้วยความเท่าเทียม เสมอภาค ไม่มีการเลือกปฏิบัติ เพื่อสร้างความเป็นธรรมให้เกิดขึ้นกับทุกฝ่าย