มังกรโคโมโดมีถิ่นอาศัยอยู่บนเกาะโคโมโด, รินจา, โฟลเร็ซ และกีลีโมตังในประเทศอินโดนีเซีย และอาศัยอยู่บนโลกนี้มาหลายทศวรรษแล้ว ปัจจัยเสี่ยงที่ทำประชากรของมังกรโคโมโดน้อยลงคือ ไฟป่า การท่องเที่ยว การตัดไม้ทำลายป่า และโรคภัยจากสัตว์ต่างถิ่น แต่ตอนนี้วิกฤตสภาพภูมิอากาศที่ทำให้ระดับน้ำทะเลสูงขึ้นก็ทำให้ที่อยู่อาศัยของมันเสี่ยงได้รับอันตราย
ที่ผ่านมาตั้งแต่ปี 1970-2000 ที่อยู่อาศัยของมังกรโคโมโดในเกาะโฟลเร็ซลดน้อยลง 40% และในอนาคตอีก 45 ปีข้างหน้า IUCN มองว่า น้ำทะเลที่สูงขึ้นอาจจะส่งผลกระทบที่อยู่อาศัยของมังกรโคโมโดบนเกาะต่าง ๆ กว่า 30%