จากนั้นเจ้าอาวาสก็ได้แต่งตั้งบุคคลจากองค์กรนี้เป็นไวยาวัจกร โดยไม่ถูกต้องตามกฎมหาเถรสมาคมขึ้นมา 2 คน คือนายสุรเดช อักษรเภตรา และนายเปรมวิชช์ ตาคาพิทักษ์สิริ พร้อมทั้งได้ออกหนังสือคำสั่งแต่งตั้งถอดถอนไวยาวัจกรในนามเจ้าอาวาส เพื่อสั่งการเรื่องต่างๆ ภายในวัด ในลักษณะบังคับทุกคนภายในวัดให้ปฏิบัติตาม ซึ่งทางชาวบ้านเคยร้องเรียนไปยังสำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติให้ตรวจสอบพฤติกรรมของพระสิทธิชัย เมื่อปีที่แล้ว ทางสำนักพุทธฯ จึงได้ทำหนังสือร้องเรียนมายังมูลนิธิฯ ให้เข้ามาดำเนินการตามกฎหมาย
ภายหลังจากได้เข้าพบเจ้าอาวาสแล้ว นายอนันต์ชัย ได้เปิดเผยว่า ทางเจ้าอาวาสเรื่องการแต่งตั้งไวยาวัจกร พร้อมยืนยันว่าทำทุกอย่างถูกต้อง แต่เจ้าอาวาสไม่ได้ทราบว่าพระภิกษุสามเณรในวัดได้รับความเดือดร้อนรำคาญ แต่ในเมื่อเจ้าอาวาสไม่ยอมรับ จึงได้เสนอให้เจ้าคณะภาคสอบสวนข้อเท็จจริงโดยเร่งด่วน และจะทำหนังสือถึงเจ้าคณะกรุงเทพมหานคร เจ้าคณะเขต เจ้าคณะแขวง และสมเด็จพระสังฆราชให้ทราบเรื่อง รวมถึงจะถวายฎีกาในเรื่องนี้ด้วย
เบื้องต้นได้เข้าแจ้งความกับตำรวจ สน.บางรัก เพื่อดำเนินคดีกับชายชุดดำในข้อหา “บุกรุก” ส่วนเจ้าอาวาสวัด แจ้งข้อหา “ปฏิบัติหน้าที่โดยมิชอบ” ในเรื่องการแต่งตั้งไวยาวัจกร และคณะกรรมการวัด หลังจากนี้จะตั้งคณะอธิกรณ์ตรวจสอบเจ้าอาวาสวัด และพระลูกวัดดังกล่าว ก่อนที่จะดำเนินการร้องทุกข์ต่อป.ป.ป. เพื่อดำเนินคดีกับเจ้าอาวาสวัด ต่อไป