ส่วนตำแหน่งเลขาฯ สมช.เราเอาโมเดลของอเมริกามาใช้ ตั้งแต่ยุคจอมพล สฤษดิ์ ธนะรัชต์ เรามาเปลี่ยนในยุค พลเอก เปรม ติณสูลานนท์ พอมาเปลี่ยนแล้ว ระยะหลังฝ่ายการเมืองเข้ามากลายเป็นปัญหามาก ตนเลยมีข้อเสนอให้ถอยกลับไปสู่โมเดลเดิม แล้วลากเส้นแบ่งนี้ให้ชัดว่า ฝ่ายข้าราชการประจำจะขึ้นสูงสุดที่ตำแหน่งปลัดบัญชาการ หรือ ปลัด สมช. ส่วนฝ่ายการเมืองจะตั้งใครมา เนื่องจากในระบบอเมริกา ฝ่ายการเมืองที่ตั้งจะเป็นที่ปรึกษาด้านความมั่นคงของทำเนียบขาวก็จะเป็นคนคุม สมช.
"น่าจะถึงเวลาที่ต้องคิดจริงๆ ไม่เช่นนั้นก็จะถกกันไม่จบ ย้ายไม่ย้าย ย้ายแล้วเป็นไง ย้ายทหารมาแล้วเป็นไง ก็ไม่มีคำตอบว่าย้ายมาแล้วดีกว่าหรือไม่อย่างไร"
ส่วนในบริบทปัจจุบัน การย้ายทหารมาคุม สมช.ดีหรือไม่นั้น ดร.สุรชาติ บอกว่า คนในก็อยากได้คนในขึ้น ถ้าเราสังเกตองค์กร สมช.เป็นองค์กรที่แกว่งมาก เพราะว่าพอมีรัฐประหารก็จะเอาทหารขึ้น
"ถ้าผมพูด คนใน สมช.อย่าโกรธนะ ผมว่าสถานะ สมช.เป็นองค์กรซึ่งทำให้เจ้าหน้าที่ที่ทำงานอยู่ใน สมช.แม้กระทั่ง เลขาฯ สมช. เป็นแค่เสมียนความมั่นคง ไม่มีบทบาทอะไร เพราะถ้าทหารมา ทหารก็คุมไส้ใน แต่ถ้าเป็นพลเรือนมา ยังไงก็ทำตามที่นายกฯสั่ง แต่วันนี้คำถามใหญ่คือ ตกลงนักการเมือง ผู้บริหาร สมช. และทหาร เข้าใจบทบาท สมช.มากน้อยเพียงใด ประเทศไทยมี สมช.ไว้เพื่ออะไร บางครั้งฝ่ายการเมืองที่เข้ามาก็ไม่รู้จะใช้ สมช.อย่างไร หรือไม่เข้าใจหน้าที่ สมช."
ทั้งนี้ สมช.ต้องยอมรับว่าเป็นหน่วยงานที่ถูกพูดลับหลังเยอะมาก โดย 10-20 ปีที่ผ่านมา ทุกครั้งที่ตนไปบรรยายจะมีคนมาขอคุยลับหลัง และนินทาความไร้ประสิทธิภาพของ สมช. ดังนั้น วันนี้ตอบได้อย่างเดียวคือ สมช.ทำอะไรที่เป็นกิจของสงฆ์ได้หรือไม่ อะไรที่ไม่ใช่ก็ควรต้องเลิก เช่น สมช.จัดหลักสูตร วารสารวิชาการ และในยุคนายกฯทักษิณ ชินวัตร มีการตั้งหน่วยงานประหลาดมากคือ สมช.จะทำงานด้านสันติวิธีเท่านั้น ตนเคยเสนอว่า ถ้า สมช.คิดจะทำงานสันติวิธี สมช.ควรเปลี่ยนสภาพเป็น NGO หรือย้ายชุดนี้ทั้งหมดไปที่สถาบันพระปกเกล้า
นอกจากนี้ มีการวิพากษ์วิจารณ์ว่า ตำแหน่งเลขาฯ สมช.มีไว้สำหรับแก้โผทหารไม่ลงตัว จึงต้องระบายคนออกนอกหน่วย ดร.สุรชาติ บอกว่า ไม่อยากวิจารณ์แบบนั้น แต่หากเราดูแล้วมันเกิดภาวะเช่นนั้น ตั้งแต่หลัง คสช.ขึ้นก็เห็นได้ชัด แต่สิ่งที่ต้องระวัง เนื่องจาก คสช.อำนาจเยอะ แต่เล่นบทแค่หน่วยงานทางยุทธวิธี อีกทั้งเป็นหน่วยงานที่มีงบประมาณเยอะ เช่น งบกับการคุยกับ BRN เยอะมาก สมช.เคยจัดพา BRN ไปคุยที่เยอรมัน สวิสฯ ตุรกี เคยประเมินหรือไม่ เงินงบส่วนนี้มีประสิทธิภาพหรือไม่ หรือกฎหมายที่ทำมาพอเปลี่ยนหัวก็ปัดทิ้ง
"สมช.ควรทบทวนตัวเอง ถ้าฝ่ายการเมืองเอาทหารมา สมช.ต้องตอบว่าทำไมองค์กรเรากลายเป็นแค่องค์กรไม้ประดับ? วันไหนเขาจัดการปัญหากองทัพไม่ได้เขาก็โยนใครมาก็ไม่รู้ มันสะท้อนว่าตกลงองค์กรนี้ยังมีค่าในทางนโยบายความมั่นคงหรือไม่" ดร.สุรชาติ กล่าว
ดร.สุรชาติ กล่าวอีกว่า ถ้า นายกฯอนุทิน ตั้งใจจะทำงานความมั่นคง ควรเอา พ.ร.บ.สมช.มากางใหม่ แล้วรื้อทิ้งหน่วยบางจุดใน สมช. โดยเฉพาะการจัดหลักสูตร ซึ่งไม่มี สมช.ไหนในโลกจัดหลักสูตรพิเศษเหมือน สถาบันพระปกเกล้า จัดไปทำไม และไปจัดทำวารสาร บางครั้งเอาเอกสารการประชุมมาใส่เอกสารวารสาร สมช.
ส่วนการเปลี่ยนตัวผู้บริหารสำนักข่าวกรองฯ ดร.สุรชาติ กล่าวว่า สำนักข่าวกรองฯประคองตัวมาได้นาน สามารถเอาคนในขึ้น เนื่องจากงานของสำนักข่าวกรองฯ เป็นงานที่ต้องใช้คนมืออาชีพทำจริงๆ แต่สิ่งที่เป็นปัญหาตอนนี้สำหรับสำนักข่าวกรองฯ เช่น เหตุที่ภาคใต้ตกลงเหตุเกิดขึ้นกี่จุดกันแน่ ตกลง 57 ,71,91 หรือ 100+ เราตอบไม่ได้เลย แปลว่าตอนนี้งานข้อมูลพื้นๆ เราก็มีปัญหา ดังนั้น ต้องคิดการปรับระบบงานข่าวกรองของประเทศ ทำให้งานข่าวกรองที่ใช้ได้จริงทั้งทางยุทธการ และเชิงนโยบาย