มหาวิทยาลัยฮาร์วาร์ดของสหรัฐฯ ยื่นฟ้องที่ศาลรัฐบาลกลางในเมืองบอสตันในวันศุกร์ (23 พฤษภาคม) เพียงหนึ่งวันหลังจากกระทรวงความมั่นคงแห่งมาตุภูมิเพิกถอนใบอนุญาตของโครงการนักศึกษาและนักศึกษาแลกเปลี่ยน ที่จะทำให้มหาวิทยาลัยไม่สามารถรับนักศึกษาต่างชาติเข้าเรียนได้
คำฟ้องระบุว่า การกระทำของรัฐบาลเป็นการละเมิดกฎหมาย และเป็นการตอบโต้อย่างชัดเจนต่อฮาร์วาร์ดที่ใช้สิทธิตามรัฐธรรมนูญในการปฏิเสธข้อเรียกร้องของรัฐบาลที่จะควบคุมการบริหารงาน, หลักสูตรการเรียนการสอน และอุดมการณ์ของคณะและนักศึกษาของฮาร์วาร์ด พร้อมกับขอให้ศาลออกคำสั่งคุ้มครองชั่วคราว เพื่อระงับคำสั่งของคริสตี โนม รัฐมนตรีกระทรวงความมั่นคงแห่งมาตุภูมิ
นอกจากนี้อลัน การ์เบอร์ อธิการบดีของมหาวิทยาลัยฮาร์วาร์ด ระบุในจดหมายประณามการกระทำที่ไม่ถูกกฎหมายของรัฐบาล และบอกว่า เป็นการล้างแค้นของรัฐบาลต่อมหาวิทยาลัยจากการที่ไม่ยอมสูญเสียความอิสระทางวิชาการ
รัฐบาลทรัมป์ มองว่า ฮาร์วาร์ดยังไม่พยายามมากพอที่จะจัดการกับกระแสต่อต้านชาวยิวภายในสถานศึกษา และยังไม่เปลี่ยนแนวทางการว่าจ้างนักวิชาการต่างชาติและรับนักศึกษาต่างชาติ
และการตัดสิทธิไม่ให้ฮาร์วาร์ดรับนักศึกษาต่างชาติ จะส่งผลกระทบกับนักศึกษาต่างชาติที่ขณะนี้มีจำนวน 6,800 คน หรือ 27% ของนักศึกษาทั้งหมด นักศึกษาต่างชาติหลายคนแสดงความกังวลเกี่ยวกับอนาคต และบรรดาอาจารย์กังวลว่า จะส่งผลกระทบต่อศักยภาพทางวิชาการของมหาวิทยาลัยและของสหรัฐฯ นอกจากนี้นักศึกษาต่างชาติคนหนึ่ง บอกว่า พวกเขารู้สึกว่าถูกลากเข้าสู่การต่อสู้ระหว่างประชาธิปไตยและเผด็จการ
ยิ่งกว่านั้นหากไม่สามารถรับนักศึกษาต่างชาติ อาจส่งผลต่อรายได้ของมหาวิทยาลัยฮาร์วาร์ด และภาพรวมของเศรษฐกิจสหรัฐฯ โดยมีข้อมูลว่า นักศึกษาต่างชาติทั้งหมดในสหรัฐฯ สร้างรายได้มากถึง 43,800 ล้านดอลลาร์ต่อเศรษฐกิจสหรัฐฯ ในช่วงปีการศึกษา 2566-2567 ผ่านค่าเล่าเรียน ค่าธรรมเนียมอื่น ๆ และการใช้จ่ายในชีวิตประจำวัน