ปัจจุบันญี่ปุ่นเป็นตลาดส่งออกสินค้าเกษตรและอาหารที่สำคัญอันดับ 2 ของไทย ในระหว่างปี 2562-2564ไทยมีสัดส่วนการส่งออกไปญี่ปุ่นประมาณร้อยละ 11.35 ของมูลค่าการส่งออกสินค้าเกษตรไปตลาดโลก การส่งออก เฉลี่ยปีละ 144,820 ล้านบาท โดยสินค้าส่งออกที่สำคัญได้แก่ เนื้อไก่ปรุงแต่ง ชิ้นเนื้อไก่แช่แข็ง อาหารสัตว์เลี้ยง ปลาทูนา ปลาสคิปแจ็ค และปลาโบนิโต และยางแผ่นรมควัน
ที่ผ่านมา ไทยได้ดุลการค้าสินค้าเกษตรกับญี่ปุ่นมากกว่า 130,000 ล้านบาท ทั้งนี้ ในที่ประชุม รมว. เกษตรฯ สองฝ่ายแสดงความยินดีที่การหารือด้านเทคนิคของการปรับมาตรการนำเข้ามังคุดและส้ม เพื่ออำนวยความสะดวกให้แก่เกษตรกรของทั้งสองฝ่าย โดยเร่งรัดให้สามารถปรับใช้ได้ภายในปี 2565
สำหรับการปฏิรูประบบอาหารยั่งยืน ทั้งสองฝ่ายมีนโยบายที่สอดคล้องกัน โดยกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ มีการขับเคลื่อนภาคการเกษตรด้วย BCG Model เพื่อปรับเปลี่ยนระบบการเกษตรสู่ 3 สูง คือ ประสิทธิภาพสูง ด้วยการใช้เทคโนโลยีและนวัตกรรมผสานภูมิปัญญา มุ่งยกระดับผลผลิตเกษตรสู่มาตรฐานสูง ครอบคลุมทั้งด้านคุณภาพ โภชนาการ ความปลอดภัย และระบบการผลิตที่ยั่งยืน และการทำการเกษตรเป็นอาชีพที่สร้างรายได้สูงด้วยการผลิตสินค้าเกษตรที่เน้นความเป็นพรีเมี่ยมมีความหลากหลาย และกำหนดราคาขายได้ตามคุณภาพของผลผลิตเกษตร
โดยฝ่ายญี่ปุ่นเห็นพ้องที่จะยกระดับความร่วมมือในการร่วมศึกษาและวิจัยด้านวิชาการเกษตร รวมทั้งเทคโนโลยีและนวัตกรรมเกษตร เพื่อเสริมสร้างความยั่งยืนของการผลิตสินค้าเกษตรและระบบอาหาร เพื่อสนับสนุนการบรรลุเป้าหมายการพัฒนาที่ยั่งยืน ค.ศ. 2030 รวมทั้งยินดีสนับสนุนแลกเปลี่ยนประสบการณ์และความรู้ด้านการพัฒนาผลิตภัณฑ์สินค้าเกษตรให้เป็นที่นิยมและความต้องการของตลาดในประเทศต่าง ๆ เพื่อเป็นอีกหนึ่งแนวทางในการเสริมสร้างความมั่นคงทางอาหารของโลก