ที่ผ่านมากองทุนได้กำหนดเงื่อนไขที่ผ่อนปรนในการชำระคืน โดยไม่คิดดอกเบี้ยในระหว่างการศึกษาและให้ระยะเวลาปลอดหนี้ 2 ปีหลังจากสำเร็จการศึกษาหรือเลิกการศึกษา โดยกำหนดอัตราดอกเบี้ยเพียง 1% ของเงินต้นคงเหลือ และให้ผ่อนชำระได้ 15 ปี กำหนดอัตราผ่อนชำระเงินต้นจากน้อยไปมากแบบขั้นบันได และเริ่มคิดดอกเบี้ยในงวดชำระปีที่ 2 เป็นต้นไป ดังตัวอย่างตารางการผ่อนชำระหนี้ 15 ปี จากเงินต้น 100,000 บาท ในปีแรกจะชำระเพียง 1,500 บาท หรือเดือนละ 125 บาท จนถึงปีสุดท้ายให้ผ่อนชำระ 13,000 บาท หรือเดือนละ 1,095 บาท หากมีการค้างชำระหนี้ กองทุนจะคิดเบี้ยปรับ 7.5% ของงวดที่ค้างชำระ
ทั้งนี้ กองทุนขอยืนยันว่ากองทุนเป็นหน่วยงานของรัฐที่ให้โอกาสทางการศึกษาเพื่อสร้างทุนมนุษย์และให้ความช่วยเหลือแก่ผู้กู้ยืมเงินที่ขาดโอกาสมาอย่างต่อเนื่อง โดยปัจจุบันกองทุนมิได้ใช้เงินงบประมาณแผ่นดินแต่ใช้เงินหมุนเวียนที่ได้รับชำระหนี้จากผู้กู้ยืมที่มีความรับผิดชอบในการชำระคืน เพื่อเป็นทุนหมุนเวียนส่งต่อโอกาสทางการศึกษาให้แก่นักเรียน นักศึกษารุ่นน้องต่อไป” ผู้จัดการกองทุนฯ กล่าวในที่สุด