จากนั้นจึงมีการประชุมสภามหาวิทยาลัย ปรากฏว่า ที่ประชุมมีมติ 9 ต่อ 7 รับรองกระบวนการสรรหาอธิการบดี โดย 9 เสียงที่รับรอง มาจากกรรมการสภามหาวิทยาลัยผู้ทรงคุณวุฒิ ซึ่งเป็นคนนอกทั้งหมด ส่วน 7 เสียงที่ไม่รับรอง เป็นกรรมการสภามหาวิทยาลัยที่เป็นคนในทั้งหมด
ยอมถอยครึ่งก้าว ไม่กล้าตั้งผู้มีส่วนได้เสีย "รักษาการ"
แต่ฝ่ายคณาจารย์ และบุคลากร ที่รวมตัวกันเป็น "ประชาคมมหาวิทยาลัย" ก็ไม่ได้พ่ายแพ้ไปเสียทีเดียว เพราะยังมีวาระการทบทวนผลการเลือกอธิการบดี ซึ่งมีหลายฝ่ายยื่นหนังสือขอให้ทบทวน ทั้งตัวอาจารย์วชิระเอง ประธานสภาคณาจารย์ กรรมการสภามหาวิทยาลัยที่เป็นผู้แทนคณาจารย์ รวมไปถึงกรรมการจริยธรรม
ในที่สุด เพื่อความเป็นธรรมแก่ทุกฝ่าย สภาจึงมีมติว่า หากมีการฟ้องร้องเป็นคดี ให้นำเรื่องเข้าสภามหาวิทยาลัยเพื่อพิจารณาอย่างเร่งด่วน (ซึ่งมีข่าวว่าจะมีการฟ้องร้องต่อศาลปกครองด้วย) และจะไม่มีการแต่งตั้ง "รักษาการอธิการบดี" จากผู้มีส่วนได้ส่วนเสีย รวมถึงผู้ที่ได้รับการสรรหาเป็นอธิการบดีคนใหม่ด้วย ทั้งที่จริงๆ แล้วตามธรรมเนียม จะมีการตั้งผู้ที่ผ่านการสรรหา เป็นรักษาการอธิการบดีไปเลย ระหว่างรอโปรดเกล้าฯ
สำหรับมติสภามหาวิทยาลัยที่ออกมาอย่างไม่เป็นเอกฉันท์ ในวาระแต่งตั้งอธิการบดีนั้น เกิดขึ้นน้อยมากในแวดวงอุดมศึกษา ครั้งนี้ถือเป็นประวัติศาสตร์ที่ต้องบันทึกไว้ เพราะนอกจากเสียงจะไม่เอกฉันท์แล้ว คะแนนยังก้ำกึ่งกัน คือ 9 ต่อ 7 ด้วย