ซึ่งหัวลำโพงถือเป็นสถานีหลักที่มีผู้ใช้บริการทั้งชาวไทยและชาวต่างชาติเดินทางผ่านเป็นจำนวนมาก จึงได้ดำเนินการทำความสะอาดด้วยการฉีดพ่นน้ำยาฆ่าเชื้อโรคภายในสถานีรถไฟ
โดยเน้นย้ำความสะอาดบริเวณพื้นที่ให้บริการที่มีการสัมผัสกับผู้ใช้บริการที่มีความถี่บ่อยครั้ง เช่น บริเวณช่องจำหน่ายตั๋วโดยสาร เก้าอี้นั่งพักผู้โดยสาร ห้องน้ำ เป็นต้น นอกจากนี้ได้เพิ่มการทำความสะอาดด้วยการฉีดพ่นน้ำยาฆ่าเชื้อโรคภายในตู้โดยสารบนขบวนรถไฟก่อนที่จะนำออกให้บริการ
และเน้นการเช็ดทำความสะอาดด้วยน้ำยาฆ่าเชื้อโรคในบริเวณที่ผู้โดยสารต้องสัมผัส เช่น ราวจับภายในขบวนรถ เก้าอี้นั่ง เป็นต้น ส่วนมาตรการด้านการดูแลสุขภาพอนามัยของพนักงานที่ให้บริการในสถานี และบนขบวนรถได้ให้พนักงานสวมหน้ากากอนามัยกรณีที่ต้องปฏิบัติงานในพื้นที่ที่มีประชาชนหนาแน่น เพื่อสร้างความเชื่อมั่นให้กับผู้ใช้บริการ(เมื่อวันที่6มี.ค.63)