กรมชลประทาน และจังหวัดฉะเชิงเทรา รวมทั้งหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง ได้วางแผนบริหารจัดการน้ำและแผนการระบายน้ำจากอ่างเก็บน้ำต่างๆ ได้แก่ อ่างเก็บน้ำคลองสียัด อ่างเก็บน้ำคลองระบม อ่างเก็บน้ำขุนด่านปราการชล อ่างเก็บน้ำคลองพระสทึง และอ่างเก็บน้ำนฤบดินทรจินดา เพื่อควบคุมและชะลอความเค็มในแม่น้ำบางปะกง ให้เกษตรกรสามารถใช้น้ำและเก็บเกี่ยวผลผลิตทางการเกษตรได้โดยไม่เสียหาย รวมทั้ง จะควบคุมความเค็มที่เขื่อนทดน้ำบางปะกง ให้อยู่ในเกณฑ์ไม่เกิน 1 กรัมต่อลิตร จนถึงวันที่ 1 ม.ค. 61
ทั้งนี้ กรมชลประทาน ได้มีการปรับแผนการระบายน้ำให้เหมาะสมกับปริมาณน้ำใช้การได้ของแต่ละอ่างฯ โดยจากเดิมที่เคยระบายน้ำจากอ่างเก็บน้ำคลองสียัดเป็นหลัก ปัจจุบันได้ปรับมาใช้น้ำจากอ่างเก็บน้ำขุนด่านปราการชล อ่างเก็บน้ำคลองพระสทึง อ่างเก็บน้ำนฤบดินทรจินดา และอ่างเก็บน้ำคลองระบม รวมกันวันละ 2.30 ล้าน ลบ.ม. สำหรับผลักดันและป้องกันความเค็มรุกล้ำเข้ามาในแม่น้ำบางปะกง ปัจจุบันการควบคุมความเค็มในแม่น้ำบางปะกง ยังคงเป็นไปตามแผนที่ วางไว้ ค่าความเค็มที่เขื่อนทดน้ำบางปะกง วัดได้เพียง 0.30 กรัมต่อลิตร ทำให้การประปาส่วนภูมิภาคสาขาฉะเชิงเทรา กลุ่มเกษตรกร และทุกภาคส่วน สามารถใช้น้ำจากแม่น้ำบางปะกงทำกิจกรรมต่างๆ ได้ตามปกติ