ประการแรก ปัญหาเชิงโครงสร้างของคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการค้ามนุษย์แห่งชาติ และการมีส่วนร่วมของผู้มีส่วนได้เสียจากการกําหนดนโยบายและการบังคับใช้กฎหมาย เนื่องจากโครงสร้างของคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการค้ามนุษย์แห่งชาติ กําหนดให้มีคณะกรรมการที่ประกอบด้วย ผู้แทนจากหน่วยงานรัฐตามตําแหน่งในหน่วยงานนั้น โดยมิได้กําหนดให้มีสัดส่วนของผู้มีส่วนได้เสียอื่นที่มีความหลากหลายเพียงพอ อาทิ องค์กรภาคประชาสังคม ผู้ทรงคุณวุฒิที่มีความเชี่ยวชาญเฉพาะทาง และผู้แทนผู้ที่มีส่วนได้เสียโดยตรงจากการบังคับใช้กฎหมาย จึงทําให้คณะกรรมการไม่สามารถกําหนดนโยบายการแก้ไขปัญหาการค้ามนุษย์ได้อย่างครอบคลุมและเหมาะสม และไม่อาจนําไปสู่การแก้ไขปัญหาเชิงระบบได้
ประการที่สอง การเน้นตัวชี้วัดความสําเร็จจากจํานวนคดีมากกว่าการให้ความสําคัญกับประสิทธิภาพการดําเนินคดีและกระบวนการคุ้มครองผู้เสียหาย ในช่วงที่ผ่านมาสังเกตเห็นได้ว่ารัฐบาลให้ความสําคัญกับตัวชี้วัดด้านปริมาณเป็นหลัก โดยเน้นการวัดผลสัมฤทธิ์จากจํานวนคดีที่มีการจับกุมดําเนินคดีต่อผู้ถูกกล่าวหาและตัวชี้วัดด้านอัตราโทษต่อผู้กระทําผิด
อย่างไรก็ตาม สถิติการดําเนินคดีในช่วง 2 ปีที่ผ่านมามิได้ แสดงให้เห็นถึงสภาพปัญหาที่แท้จริงของการค้ามนุษย์ในประเทศไทย ยิ่งไปกว่านั้นยังมีข้อเท็จจริงปรากฏว่ามี บุคคลหรือผู้มีอํานาจต่อพนักงานเจ้าหน้าที่มีความพยายามผลักดันให้เกิด “คดีนโยบาย” เพื่อเพิ่มจํานวนสถิติ การดําเนินคดีค้ามนุษย์ในประเทศไทย รัฐบาลไทยควรให้ความสําคัญกับประสิทธิภาพในการดําเนินคดี การคุ้มครองสิทธิของผู้เสียหาย กระบวนการส่งต่อผู้เสียหายให้ได้รับการเยียวยาอย่างเหมาะสม และการคุ้มครองเยียวยาผู้เสียหายที่มีความหลากหลายด้านเชื้อชาติ ศาสนา ความเชื่อหรือวัฒนธรรม มากกว่าการมุ่งเน้นไปที่การวัดผลสําเร็จด้านสถิติคดีเป็นหลัก
ประการที่สาม ความล้มเหลวของการบริหารจัดการแรงงานข้ามชาติและผู้ย้ายถิ่นระหว่างประเทศ
รัฐบาลล้มเหลวในการกําหนดนโยบายการจัดการแรงงานข้ามชาติในประเทศไทย กล่าวคือ รัฐบาลไม่สามารถลดภาระค่าใช้จ่ายในการจดทะเบียนแรงงานข้ามชาติได้ แรงงานข้ามชาติยังต้องพึ่งพานายหน้าเพื่อเข้าสู่ระบบการจดทะเบียนและจัดทําเอกสาร อีกทั้งมีแรงงานข้ามชาติตกหล่นจากระบบการจดทะเบียนจํานวนมาก ปัญหาภาระค่าใช้จ่ายและสถานะทางกฎหมาย ยิ่งเพิ่มความเปราะบางให้แก่แรงงาน และเพิ่มความเสี่ยงจากการแสวงหาประโยชน์โดยมิชอบ และนําไปสู่การบังคับใช้แรงงานหรือแรงงานขัดหนี้