
องค์กรทางด้านการสำรวจและจัดทำแผนที่ของญี่ปุ่น (Geospatial Information Authority of Japan) หรือ GSI ได้จัดทำแผนที่ดิจิทัลเมื่อเร็วๆ นี้ และพบว่า มีเกาะอยู่จำนวน 14,125 เกาะ ที่อยู่ในดินแดนของญี่ปุ่น ซึ่งมากกว่า 2 เท่า ของจำนวน 6,852 เกาะ ซึ่งเป็นตัวเลขที่ใช้อย่างเป็นทางการตั้งแต่ปี 2530 ที่รายงานโดยหน่วยยามฝั่งของญี่ปุ่น
GSI ได้ย้ำว่าตัวเลขใหม่นี้ สะท้อนถึงความก้าวหน้าในเทคโนโลยีการสำรวจและรายละเอียดของแผนที่ ที่ใช้สำหรับการนับจำนวนเกาะ ซึ่งไม่ได้เปลี่ยนพื้นที่โดยรวมของแผ่นดินในความครอบครองของญี่ปุ่น และแม้ว่าจะไม่มีข้อตกลงระหว่างประเทศ เกี่ยวกับการนับจำนวนเกาะ แต่ก็ใช้เกณฑ์ขนาดเดียวกับการสำรวจเมื่อ 35 ปีก่อน
การนับจำนวนเกาะ ได้รวมการนับพื้นที่ดินที่เกิดขึ้นตามธรรมชาติทั้งหมด ที่มีเส้นรอบวงอย่างน้อย 100 เมตร โดยไม่รวมเกาะเทียม
ที่ผ่านมา เกาะที่รายล้อมอยู่รอบญี่ปุ่น ได้กลายเป็นศูนย์กลางของความขัดแย้งในการอ้างกรรมสิทธิ์เหนือดินแดน เช่น ญี่ปุ่นอ้างกรรมสิทธิ์เหนือหมู่เกาะคูริล โดยเรียกว่าเป็น "นอร์ทเธิร์น เทอร์ริทอรี่ส์" ของตนเอง ซึ่งเป็นข้อพิพาทกับรัสเซีย มาตั้งแต่สิ้นสุดสงครามโลกครั้งที่ 2 เนื่องจากทหารโซเวียตไปยึดมาจากญี่ปุ่น
ญี่ปุ่นยังอ้างกรรมสิทธิ์ในหมู่เกาะเซ็นคากุ ในทะเลจีนตะวันออก แต่จีนก็อ้างกรรมสิทธิ์เช่นกัน โดยเรียกว่า หมู่เกาะเตียวหยู นอกจากนี้ ยังมีข้อพิพาทกับเกาหลีใต้มานานกว่า 70 ปี กรณีการอ้างกรรมสิทธิ์เหนือหมู่เกาะทาเคชิมะ ในทะเลตะวันออก ที่เกาหลีใต้เรียกว่า หมู่เกาะด็อกโด