อย่างไรก็ตาม กรมอุตุนิยมวิทยา ได้คาดการณ์ว่าปรากฏการณ์ เอลนีโญ ในช่วงเดือนมิถุนายน-กันยายนนี้ จะส่งผลให้ทั้งประเทศไทยเกิดฝนตกน้อยกว่าปกติ กรมชลประทาน จึงได้เตรียมแผนรับมือตั้งแต่ช่วงฤดูฝนปี 2566 นี้เป็นต้นไป เพื่อลดผลกระทบต่อสถานการณ์ภัยแล้งที่อาจเกิดขึ้นได้ในอนาคต
โดยได้กำชับให้โครงการชลประทานทั่วประเทศเฝ้าระวัง ติดตาม และประเมินสถานการณ์อย่างรอบคอบ เพื่อนำข้อมูลมาวิเคราะห์และปรับแผนบริหารจัดการน้ำให้เหมาะสมสอดคล้องกับสถานการณ์ในแต่ละพื้นที่ ที่สำคัญให้เร่งเก็บกักน้ำให้ได้มากที่สุด
ส่วนพื้นที่ลุ่มต่ำที่กรมชลประทานได้ปรับปฏิทินเพาะปลูกให้เกษตรกรได้เพาะปลูกและเก็บเกี่ยวผลผลิตก่อนฤดูน้ำหลากจะมาถึง ปัจจุบันกรมชลประทานได้ส่งน้ำเข้าระบบชลประทาน เพื่อให้เกษตรกรได้เพาะปลูกแล้วและจะเร่งเก็บเกี่ยวผลผลิต ให้ทันก่อนน้ำหลากในช่วงกลางเดือนกันยายน เพื่อลดความเสี่ยงที่จะเกิดความเสียหายจากอุทกภัย
นอกจากนี้ ได้กำชับให้โครงการชลประทานทุกแห่งปฏิบัติตามมาตรการบริหารจัดการน้ำฤดูฝนปี 2566 ที่กรมชลประทานกำหนด ควบคู่ไปกับการปฏิบัติตามมาตรการรองรับฤดูฝนปี 2566 ที่กองอำนวยการน้ำแห่งชาติกำหนดอย่างเคร่งครัด เพื่อลดผลกระทบที่จะเกิดขึ้นกับประชาชนให้มากที่สุด