การเลือกตั้งเป็นไปอย่างคึกคัก ทีมสโมสรทยอยมาลงทะเบียนในเวลา 13.00 น. โดยมีปัญหาเพียงไม่กี่สโมสร คณะกรรมการได้มีการพิจารณาตัดสิทธิ์ มุกดาหาร ลำโขง เนื่องจากมีการสวมสิทธิ์ ขณะที่ พิษณุโลก ทีเอสวาย และพิษณุโลก 2015 ที่สิทธิ์ทับซ้อนกัน ทั้งสองทีมตัดสินใจไม่ใช่สิทธิ์ทั้งคู่
ขณะที่ เชียงราย ซิตี้ และเชียงราย เอฟซี สิทธิ์ทับซ้อนและตกลงกันไม่ได้จึงถูกตัดสิทธิ์ ส่วนกรณีของสุราษฎร์ธานี ทางนางอนงค์ ล่อใจ อดีตประธานสโมสรสุราษฎร์ที่เพิ่งถูกศาลปกครองนครศรีธรรมราช ยกคำร้องขอให้ไต่สวนฉุกเฉินและให้ระงับการเลือกตั้ง 30 เสียงดิวิชั่น 2 ใหม่ได้นำเอกสารมาชี้แจงเรียกร้องสิทธิ์ในการเลือกตั้ง
แต่คณะกรรมการกลางได้พิจารณาให้สิทธิ์แก่ สมชาติ ประดิษฐพร ประธานสโมสรสุราษฎร์ เอฟซี 2016 ทำให้ นางอนงค์ ไม่พอใจและเดินเข้าไปโวยวายต่อคณะกรรมการกลางภายในห้องลงคะแนนจนเสียงดังลั่นและการลงคะแนนต้องชะงัก ทำให้เจ้าหน้าที่ตำรวจต้องมาเชิญตัวออกไปท่ามกลางเสียงโห่จากที่ประชุม
การลงคะแนนเสียงครั้งนี้มี มร.ปุรุชอตตัม คัตแทล ตัวแทนจากสหพันธ์ฟุตบอลนานาชาติ (ฟีฟ่า) ร่วมสังเกตการณ์ โดยใช้วิธีการลงคะแนนทีละภาค กทม.และภาคกลาง 14 ทีมมาใช้สิทธิ์ 7 ทีม ภาคตะวันตก 13 ทีมใช้สิทธ์ 9 ทีม ภาคกลางและตะวันออก 14 ทีมใช้สิทธ์ 10 ทีม ภาคตะวันออกเฉียงเหนือ 18 ทีมใช้สิทธ์ 9 ทีมและถูกตัดสิทธิ์ 1 ทีม ภาคใต้ 10 ทีมใช้สิทธิ์ 7 ทีม ภาคเหนือ 14 ทีมใช้สิทธิ์ 10 ทีม ถูกตัดสิทธิ์ 1 ทีม ไม่ใช่สิทธิ์ 1 ทีม
ผลการเลือกตั้งตัวแทนทั้ง 5 ภาคมีดังนี้ กทม.และภาคกลาง จามจุรี ยูไนเต็ด, ทหารบก, บีซีซี, ราชบุรี, อาร์แบค, ศุลกากร ยูไนเต็ดภาคตะวันตก นนทบุรี, เพชรบุรี, วานา นาวา หัวหิน, สมุทรสาคร, สีหมอกภาคตะวันออก กองเรือยุทธการ, ทวีวัฒนา, นครนายก, พานทอง, สระแก้วภาคตะวันออกเฉียงเหนือ กาฬสินธิ์, มหาสารคาม, เลย, อุดรธานี, อุบลราชธานีภาคใต้ ชุมพร, นครศรี เฮอริเทจ, นรา ยูไนเต็ด, ระนอง, สตูล ยูไนเต็ดภาคเหนือ เพชรบูรณ์, ลพบุรี, ลำปาง, ลำพูน วอริเออร์, สิงห์บุรี
โดยทั้ง 30 ทีมมีเพียง 2 ทีมจาก 30 เสียงเดิมที่ สมาคมฟุตบอลฯเคยประกาศไว้คือ นรา ยูไนเต็ด และ นนทบุรี เท่านั้น
สำหรับ 30 ตัวแทนจากการเลือกตั้งครั้งนี้มีรายงานข่าวว่าเป็นทีมที่สนับสนุน บิ๊กอ๊อด พล.ต.อ.สมยศ พุ่มพันธุ์ม่วง ที่สมัครชิงตำแหน่งนายกสมาคมฟุตบอลฯทั้งหมด ขณะที่ทีมทางฝั่งที่ให้การสนับสนุน โค้ชหรั่ง ดร.ชาญวิทย์ ผลชีวิน ไม่ได้มาร่วมเลือกตั้ง 30 เสียงในครั้งนี้เลย
เสธ.โต พล.ร.อ.สุรวุฒิ มหารมย์ ประธานคณะกรรมการกลางแถลงข่าวว่า ตัวแทน ฟีฟ่า ได้ร่วมสังเกตการณ์การเลือกตั้งทั้งหมดและไม่พบว่ามีปัญหาใดๆ ต้องขอแสดงความยินดีกับทีมที่ได้เป็นตัวแทน การเลือกตั้งถือว่าเป็นไปอย่างเรียบร้อย คณะกรรมการกลาง ขอประกาศรับรองการเลือกตั้งและตัวแทนทั้ง 30 สโมสร