"กระทรวงการต่างประเทศ มีข้อคิดเห็นต่อเรื่องนี้ อย่างน่าสนใจข้อที่ 3 ระบุว่า รายงานผลการประชุมดังกล่าว ระบุเรื่องการสำรวจ และจัดทำหลักเขตแดนทางบกและการเจรจาเขตทางทะเลที่ไทยและกัมพูชาอ้างสิทธิทับซ้อนกัน ซึ่งเป็นประเด็นที่ส่วนต่างๆในสังคมมีความเห็นแตกต่างกันและบางส่วนเห็นต่างจากแนวการดำเนินการของรัฐบาลและมีการเมืองภายในประเทศและระหว่างประเทศเกี่ยวข้อง"
นอกจากนี้ รายงานผลการประชุม ยังมีสาระสำคัญเกี่ยวกับความมั่นคงและการรักษาความสงบเรียบร้อยในพื้นที่ชายแดนในหลายมิติ และเมื่อพิจารณาประกอบคำวินิจฉัยศาลรธน. ที่ 6-7 / 2551 เมื่อวันที่ 8 ก.ค.51 เรื่องแถลงการณ์ร่วม ไทย –กัมพูชา ลงวันที่ 18 มิ.ย.51 กระทรวงการต่างประเทศจึงขอเรียนความเห็นเพื่อประกอบการพิจารณาของส่วนราชการเจ้าของเรื่องตามมติครม.ดังกล่าว น่าจะเข้าข่ายหนังสือสัญญาอาจมีผลเปลี่ยนแปลงอาณาเขต หรือมีผลกระทบต่อความมั่นคงทางเศรษฐกิจหรือสังคมของประเทศอย่างกว้างขวางตามมาตรา 190 วรรค 2 ของรัฐธรรมนูญ ซึ่งจะต้องได้รับความเห็นชอบจากรัฐสภาก่อนดำเนินการให้มีผลผูกพัน
กระทั่ง เลขาธิการคณะรัฐมนตรี (สลค.) ได้ทำหนังสือ เมื่อวันที่ 12 พ.ย. 52 เสนอว่า รัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหม (พล.อ.ประวิตร วงษ์สุวรรณ) ขอเลื่อน เรื่อง "รายงานผลการประชุมคณะกรรมการชายแดนทั่วไป ไทย – กัมพูชา ครั้งที่ 6" ที่บรรจุอยู่ในระเบียบวาระการประชุมครม.เพื่อพิจารณา เรื่องที่ 9 ออกไปก่อน ซึ่งครม.พิจารณามีมติเห็นชอบตามที่เลขาธิการครม.เสนอ และหากกระทรวงกลาโหมประสงค์จะให้นำเรื่องบรรจุระเบียบวารการประชุมครม.เมื่อใด ขอได้แจ้งให้สลค.ให้ทราบ
ผู้สื่อข่าวรายงานว่า หลังจากนั้น ข้อเสนอดังกล่าว ซึ่งเดิมรัฐบาลอภิสิทธิ์ขณะนั้น ต้องการทบทวนข้อตกลงเอ็มโอยู 2544 แต่ตามขั้นตอนต้องนำเข้าสู่ที่ประชุมรัฐสภาด้วย แต่อย่างไรก็ตาม เมื่อปี 2554 นายกฯอภิสิทธิ์ ประกาศยุบสภาเสียก่อนทำให้ กระบวนการทบทวน"เอ็มโอยู 2544" ก็ยังค้างอยู่ในขั้นตอนครม.จนกระทั่งผ่านมาถึงรัฐบาลยิ่งลักษณ์ไม่ได้มีการหยิบยกมาหารือเช่นเดียวกับ "รัฐบาลพล.อ.ประยุทธ์" ที่เข้ามาบริหารประเทศในเวลาต่อมา โดยมี "พล.อ.ประวิตร วงษ์สุวรรณ" ดำรงตำแหน่งรองนายกฯ ขณะนั้น ก็ยังปฏิบัติตามบันทึกข้อตกลงเอ็มโอยู 2544 ไทย-กัมพูชา
ขณะที่นายกษิต ภิรมย์ อดีตรมว.ต่างประเทศ ในรัฐบาลอภิสิทธิ์ เปิดเผย"เนชั่นทีวี" ด้วยว่า มติครม. ให้ยกเลิก เอ็มโอยู 2544 ในขณะนั้น เกิดขึ้นจากกรณีที่รัฐบาลไทยต้องการแสดงท่าทีทางการเมืองกับกัมพูชา หลังจากที่กัมพูชา แต่งตั้ง นายทักษิณ ชินวัตร อดีตนายกฯ เป็นที่ปรึกษากัมพูชาซึ่งเป็นการดำเนินการที่ไม่น่ารักมีนัยของการเข้ามาแทรกแซงการเมืองของประเทศไทยเนื่องจากนายทักษิณอยู่ฝ่ายการเมืองหนึ่ง ตนและพรรคประชาธิปัตย์อยู่ฝ่ายการเมืองหนึ่ง
เราจึงต้องแก้เผ็ดและสั่งสอนสมเด็นฮุนเซ็นด้วยการเสนอยกเลิก MOU44 ออกมาเจตนาเพื่อจะบ่งบอกความไม่พอใจของรัฐบาลไทยและประเทศไทยต่อพฤติกรรมดังกล่าว
"นายกษิต" ยังกล่าวว่า การดำเนินการของนายทักษิณในครั้งนั้นถูกมองว่าอาจกลายเป็นเครื่องมือในการเข้ามาแทรกแซงกิจการของไทย จึงเป็นที่มาของมติครม.ดังกล่าวก่อนที่หน่วยงานที่เกี่ยวข้องจะดำเนินการตามกฎหมายระหว่างประเทศ เพื่อให้ฝ่ายกัมพูชาได้รับทราบต่อไป
ทว่าหลังจากที่"กระทรวงการต่างประเทศ"ได้ดำเนินการนั้น ภายหลังรัฐบาลได้มีการยุบสภาทำให้มติครม.ดังกล่าวยังค้างคาอยู่ไม่ได้มีการเสนอต่อรัฐสภา หลังจากนั้นมีการเปลี่ยนแปลงรัฐบาลไปสู่รัฐบาล "น.ส.ยิ่งลักษณ์ ชินวัตร" และรัฐบาล"พล.อ.ประยุทธ์ จันทร์โอชา" กระทั่งรัฐบาล"นายเศรษฐา ทวีสิน" และรัฐบาลปัจจุบัน
ทั้งนี้รัฐบาลพล.อ.ประยุทธ์ได้ดำเนินการต่อตามMOU44 ด้วยการแต่งตั้งพล.อ.ประวิตร วงษ์สุวรรณ รองนายกรัฐมนตรีในขณะนั้น เป็นหัวหน้าคณะเจรจาข้อพิพาททางทะเล หมายความว่า มติของพรรคประชาธิปัตย์ได้สิ้นสุดไปตั้งแต่จบรัฐบาลแล้ว แต่MOU44 ยังมีชีวิตอยู่และได้รับการต่ออายุโดยรัฐบาลพล.อ.ประยุทธ์
สอดคล้องกับที่น.ส.แพทองธาร ชินวัตร นายกรัฐมนตรี เปิดเผยว่าอยู่ระหว่างแต่งตั้ง คณะกรรมการร่วมด้านเทคนิค (Joint Technical Committee:JTC)ไทย-กัมพูชา หรือคณะกรรการJTC ในเร็วๆนี้