ขณะที่ นายยามารุดดีน ในฐานะรองโฆษกพรรค ได้แสดงความคิดเห็นในที่สาธารณะ ซึ่งขัดกับข้อบังคับของพรรค คณะกรรมการบริหารพรรคเสียงส่วนใหญ่จึงเห็นว่ามีคุณสมบัติไม่เหมาะสม จึงมีมติให้พ้นจากตำแหน่ง ซึ่งประเด็นดังกล่าวนายปิติพงศ์ ได้แสดงจุดยืนว่า พรรคเป็นธรรมไม่สนับสนุนการแบ่งแยกดินแดน โดยเคารพการใช้สิทธิและเสรีภาพภายใต้กรอบรัฐธรรมนูญ แต่ถูกวิพากษ์วิจารณ์อย่างรุนแรงจากสมาชิกพรรค ถึงขั้นกดดันให้ลาออก
ทั้งนี้ตั้งแต่วันที่ 7 มิ.ย. ซึ่งเป็นวันจัดงาน เกิดกระแสวิพากษ์วิจารณ์กันอย่างกว้างขวาง ในขณะที่ กองอำนวยการรักษาความมั่นคงภายในภาค 4 ส่วนหน้า หรือ "กอ.รมน.ภาค 4 สน." ได้ออกแถลงการ ระบุว่า "ขบวนนักศึกษาแห่งชาติ" จัดปาฐกถาพิเศษหัวข้อ "การกำหนดอนาคตตนเอง" ร่วมกับว่าที่ส.ส.พรรคก้าวไกลและนักการเมืองบางส่วน ชี้ "ประชามติแยกดินแดน" ทำไม่ได้ พร้อมรวบรวมข้อมูลหลักฐานเพื่อเอาผิด
"เนชั่นทีวี" ทราบมาว่า ฝ่ายความมั่นคงได้เก็บข้อมูลต่างๆ เพิ่มเติม และไม่ได้มีข้อมูลหลักฐานเฉพาะกิจกรรมของนักศึกษาวันที่ 7 มิ.ย.66 เท่านั้น
กิจกรรมวันสัมนา และแถลงการณ์สนับสนุนการทำประชามติ มีการถอดเทปไว้ทั้งหมดว่าใครพูดอะไรบ้าง (ซึ่งชัดเจนว่าเข้าข่ายผิดกฎหมาย แต่ไม่มีคนของพรรคก้าวไกล)
การหาเสียง และปราศรัยต่างๆ ตลอดจนการร่วมกิจกรรมสัมนา เสวนา เวทีต่างๆ ของตัวแทนพรรคการเมือง มีการบันทึกเทปไว้หมดว่าใครพูดอะไรบ้าง (ส่วนนี้น่าจะมีคนของพรรคก้าวไกลด้วย)
นอกจากนี้ การหาเสียงที่ผ่านมาใน 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ บางส่วนหมิ่นเหม่ขัดต่อกฎหมาย เพราะสิ่งที่ปราศรัยหาเสียง ไม่ได้ส่งเป็นนโยบายให้ กกต. เพราะบางนโยบายต้องแก้ไขกฎหมาย บางนโยบายต้องใช้งบประมาณ เช่น ถอนทหาร, ยุบ กอ.รมน., ยุบ ศอ.บต. เป็นต้น บางส่วนหมิ่นเหม่ไปกระทบความมั่นคง คล้ายๆ ประชามติแยกดินแดนเหมือนกัน
อีกด้านนายศรีสุวรรณ จรรยา ผู้นำองค์กรรักชาติ รักแผ่นดิน ได้ไปแจ้งความที่กองบัญชาการตำรวจสอบสวนกลาง ให้เอาผิดคนจัดงาน และผู้ร่วมงาน “ประชามติเอกราช” ที่ ม.อ.ปัตตานี เป็นความผิดตามประมวลกฎหมายอาญา มาตรา 113 (กบฏ) และ 116 (ยุยงปลุกปั่น) เมื่อวันที่ 9 มิ.ย.ที่ผ่านมา
ล่าสุดวันนี้ (16 มิ.ย.) ได้ไปยื่นคำร้องต่อคณะกรรมการการเลือกตั้ง(กกต.) ให้ตรวจสอบพรรคการเมืองที่เกี่ยวข้อง 3 พรรค ว่าเข้าข่ายมีพฤติการณ์ตาม พ.ร.ป.พรรคการเมือง มาตรา 22 และ 92 หรือไม่
โดยมาตรา 22 คณะกรรมการบริหารพรรคการเมืองมีหน้าที่ควบคุมและกำกับดูแลมิให้สมาชิกกระทำการอันเป็นการฝ่าฝืนรัฐธรรมนูญ กฎหมาย ข้อบังคับ ฯลฯ แต่ไม่ปฏิบัติ กกต.มีสิทธิสั่งให้กรรมการบริหารพรรคพ้นจากตำแหน่งได้
ส่วน มาตรา 92 มีพฤติการณ์เป็นปฏิปักษ์ต่อการปกครองระบอบประชาธิปไตย อันมีพระมหากษัตริย์ทรงเป็นประมุข ซึ่งกกต.ชงเรื่องให้ศาลรัฐธรรมนูญพิจารณายุบพรรคได้
ว่ากันว่าไม้นี้เป็นปมใหม่ในการสกัด "พิธา"