ภายหลังเกษียณจากราชการตำรวจ พล.ต.ต.จำรูญ ได้ผันตัวมาเป็นนักเขียนด้านประวัติศาสตร์ มีผลงานมากมาย เช่น เบร ญิฮาด ดี ปาตานี, ปาตานีดารุสลาม, ปาตานี ประวัติศาสตร์และการเมืองโลกมลายู และอื่นๆ อีกหลายเล่ม
พล.ต.ต.จำรูญ ยังตั้งมูลนิธิวัฒนธรรมอิสลามในภาคใต้ โดยนั่งเป็นประธานด้วยตัวเอง และเคยร่วมผลักดันให้มีสถานีโทรทัศน์ภาษามลายูในพื้นที่ด้วย
นอกจากมีผลงานการเขียนด้านประวัติศาสตร์มากมายแล้ว พล.ต.ต.จำรูญ ยังได้ชื่อว่าเป็นนักสันติภาพ และมีบทบาทในการสร้างสันติสุข ลดเงื่อนไขในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้ โดยครั้งหนึ่ง พล.ต.ต.จำรูญ เคยเสนอให้มีการแยกงานสอบสวนออกจากมือตำรวจ เพื่อให้เกิดความเป็นอิสระ ถ่วงดุลอำนาจกัน จึงจะเกิดความเป็นธรรม เพราะหลายคดี ผู้กระทำผิดกับผู้สอบสวนมีสีเดียวกัน
พร้อมทั้งยกตัวอย่าง กรณีตากใบ (โศกนาฏกรรมใหญ่ครั้งหนึ่งของจังหวัดชายแดนภาคใต้ คือเหตุการณ์สลายการชุมนุมหน้า สภ.ตากใบ จ.นราธิวาส และเคลื่อนย้ายผู้ชุมนุม จนมีผู้เสียชีวิตถึง 85 ศพ เมื่อ 25 ตุลาคม 2547) อ้างว่าชาวบ้านถูกเจ้าหน้าที่รัฐกระทำ แต่ผู้สอบสวนกับผู้กระทำเป็นตำรวจด้วยกัน