นายชวน กล่าวว่า เมื่อองค์กรอิสระเกิดขึ้นอำนาจการตัดสินก็เปลี่ยนแปลงไปในบางเรื่อง การตัดสินบางอย่างจบลงที่องค์กรเหล่านี้ ยกเว้นบางกรณีที่จะต้องส่งศาลเป็นผู้วินิจฉัย แต่จุดเริ่มต้นของการสืบสวนองค์กรอิสระจะต้องเป็นผู้สืบสวน และเมื่อตนพ้นจากตำแหน่งนายกรัฐมนตรีไปแล้ว รัฐบาลใหม่เข้ามา การแทรกแซงก็เริ่มเกิดขึ้น และฝ่ายบริหารล่วงละเมิดอำนาจอธิปไตยฝ่ายตุลาการ ด้วยการฆ่าตัดตอน คือฝ่ายบริหารเข้าไปตัดสินคดีความแทนตุลาการคือการส่งตำรวจไปฆ่าตัดตอนคนร้ายที่ภาคใต้
อย่างไรก็ตาม ด้วยเงื่อนไขขององค์กรอิสระก็มีการตรวจสอบอย่างเข้มข้น แต่กลับมาเลวร้ายเนื่องจากการแทรกแซงของฝ่ายการเมือง และวันนี้ก็กำลังจะกลายเป็นโจทก์ เช่น การพิจารณางบประมาณปี 2570 จึงมีการคัดค้านไม่ให้จัดงบประมาณให้กับ กกต. เพราะองค์กรอิสระต้องเพิ่มคนอีกหลายพันคน ล้วนเป็นต้นทุนที่เพิ่มภาระกับภาษีของรัฐ ดังนั้น องค์กรเหล่านี้จึงเป็นภาระที่เกิดขึ้นกับบ้านเมือง ถ้าองค์กรเหล่านี้ไม่ทำหน้าที่ตามบทบาทหน้าที่ที่ให้เป็นองค์กรสำหรับการเสริมสร้างระบบประชาธิปไตยให้มีประสิทธิภาพ องค์กรเหล่านี้ก็จะล้มเหลว การแทรกแซงของฝ่ายการเมืองขณะนี้รุนแรงจนน่าตกใจ มีคดีเกิดขึ้นหลายเรื่อง
“ท่านจะเอาประวัติศาสตร์ซ้ำรอยหรือ แต่หนี้บุญคุณที่นักการเมืองทำไว้ ทำให้องค์กรเหล่านี้ผมเชื่อว่า ลังเลใจ ลำบากใจ เพราะครั้นจะไม่ปฏิบัติตามก็ถูกกดดัน การแทรกแซงไม่ใช่เฉพาะในองค์กรอิสระ ความจริงแล้วทุกองค์กรส่งคนตัวเองเข้าไปอยู่หมด ทั้งหมดเป็นการเข้าไปยึดครองอย่างน่าตกใจ และแน่นอนการแต่งตั้งข้าราชการก็เพื่อไม่ให้ระบบรัฐสภา เป็นระบบประธานาธิบดี คือตั้งตามอำเภอใจและอยู่นาน“ นายชวน กล่าว
นายชวน กล่าวว่า โดยสรุปการเมืองในระบบประชาธิปไตยที่มีองค์กรอิสระ เป็นไปในทางบวกมาโดยตลอด การตรวจสอบเข้มข้นดีขึ้นแบ่งเบาภาระของศาลยุติธรรมไปได้มาก แต่ในที่สุดการเมืองที่มีธุรกิจการเมืองเข้ามาแทรกแซง คนเหล่านี้เป็นนักการเมืองที่มองเส้นทางการเมืองเป็นธุรกิจลงทุน ซื้อ สส. ซื้อเสียง และหักกำไร ดังนั้น ทุกเรื่องจึงมีประโยชน์เข้าไปเกี่ยวข้อง ถ้าการเมืองในระบบที่มีองค์กรอิสระไม่สามารถตรวจสอบได้ องค์กรอิสระที่ใช้งบประมาณปีละกว่า 20,000 ล้านบาท และงานที่ทำอยู่ตอบสนองต่อการปกครองในระบอบประชาธิปไตยหรือไม่ ถ้าเราจะคุ้มครองปกป้องระบอบนี้ไว้ เราก็ต้องทำให้การปกครองนี้มีประสิทธิภาพอย่างแท้จริง นั่นคือผู้บริหารต้องยึดมั่น ซื่อสัตย์สุจริตเป็นที่ประจักษ์
"องค์กรอิสระจะประสบความสำเร็จได้จริงต้องยึดหลักความซื่อสัตย์เป็นที่ประจักษ์และยึดมั่นตามหลักธรรมาภิบาลเที่ยงตรง โดยไม่ไปเกรงใจใคร เพราะรู้ว่าความเกรงใจ ที่ทำให้ กกต. ชุดหนึ่งต้องลงเอยอย่างน่าเสียดาย สังคมไทยต้องมีข้อไม่เกรงใจรวมอยู่ด้วยเพื่อบ้านเมือง องค์กรอิสระต้องตอบแทนบุญคุณด้วยวิธีอื่น อย่าเอาประโยชน์ของชาติไปตอบแทนบุญคุณ ถึงท่านได้เป็นเพราะเขาช่วยก็ตาม แต่บัดนี้ท่านได้เป็นก็ต้องทำหน้าที่ตามที่กฎหมายกำหนดไว้ ต้องยึดหน้าที่อย่างตรงไปตรงมา และเชื่อว่าองค์กรอิสระ เป็นประโยชน์ต่อการปกครองได้อย่างแท้จริง" นายชวนกล่าว