พิธีศพจัดขึ้นภายในวัดโซโจจิ วัดพุทธเก่าแก่ในกรุงโตเกียวเมื่อช่วงบ่าย โดยจัดขึ้นเป็นการส่วนตัวโดยอากิเอะ ภริยาของอาเบะ และมีเพียงสมาชิกในครอบครัว บุคคลใกล้ชิด รวมถึงนายกรัฐมนตรีฟุมิโอะ คิชิดะ และสมาชิกรัฐสภาจำนวนหนึ่งเข้าร่วมพิธี ส่วนด้านนอกวัดมีประชาชนหลั่งไหลไปร่วมวางดอกไม้ไว้อาลัยเป็นครั้งสุดท้ายตั้งแต่ช่วงเช้า
อากิเอะ กล่าวในพิธีศพว่า “ฉันสามารถมีประสบการณ์มากมาย ต้องขอบคุณสามีของฉัน ฉันรู้สึกซาบซึ้งอย่างที่สุด เขาปกป้องฉันตลอด”
หลังจากนั้นรถยนต์เคลื่อนศพอาเบะออกจากวัดโซโจจิไปยังสถานที่ฌาปนกิจ คิริงายะโดยผ่านสำนักงานใหญ่พรรคเสรีประชาธิปไตยหรือ LDP ทำเนียบรัฐบาล รัฐสภาและสถานที่ต่าง ๆ ในย่าน นางาตะโช ที่เป็นศูนย์กลางทางการเมืองของประเทศ โดยมีประชาชนเฝ้ารอสองข้างทางอย่างเนืองแน่นเพื่อร่วมอำลานายกรัฐมนตรีที่ดำรงตำแหน่งยาวนานที่สุดของประเทศ และหลายคนใช้โทรศัพท์มือถือถ่ายภาพขบวนศพเพื่อบันทึกประวัติศาสตร์ที่เศร้าสลดครั้งนี้
ก่อนหน้านี้เมื่อวันจันทร์มีประชาชนราว 2,500 คนร่วมเคารพศพและไว้อาลัยอาเบะ โดยมีทั้งนักการเมือง นักการทูตชาวต่างชาติ และผู้บริหารธุรกิจ อย่าง เจเน็ต เยลเลน รัฐมนตรีคลังของสหรัฐฯ ที่อยู่ระหว่างเยือนญี่ปุ่น มิคาอิล กาลูซิน เอกอัครราชทูตรัสเซียประจำญี่ปุ่น และอากิโอ โทยาดะ ประธานบริษัทโตโยตา มอเตอร์ คอร์ปเข้าร่วมงาน
อดีตนายกรัฐมนตรี วัย 67 ปีเสียชีวิตเมื่อวันศุกร์เพียงไม่กี่ชั่วโมงหลังจากถูกเท็ตสึยะ ยามากามิ ชายตกงาน วัย 41 ปีใช้ปืนประดิษฐ์ที่ทำขึ้นเองยิงสังหารขณะเขากำลังปราศรัยหาเสียงช่วยผู้สมัครวุฒิสมาชิกของพรรค LDP ที่เมืองนารา
คณะกรรมการความปลอดภัยสาธารณะแห่งชาติสั่งให้ตำรวจจัดตั้งคณะทำงานสอบสวนเรื่องความหละหลวมในการอารักขาความปลอดภัย และนายตำรวจระดับสูงยอมรับว่ามีความบกพร่องในการคุ้มกันอดีตนายกรัฐมนตรีอาเบะ ทำให้คนร้ายมีโอกาสเข้าใกล้และยิงอาเบะจากด้านหลังในระยะห่างเพียงไม่กี่เมตร