25 พฤษภาคม 2565 นายแพทย์สมศักดิ์ อรรฆศิลป์ อธิบดีกรมการแพทย์ เปิดเผยว่า สาเหตุอาจเกิดจากการติดเชื้อที่เข้าทำลายสมอง ส่วนใหญ่เกิดจากไวรัสหรือผ่านระบบภูมิคุ้มกันที่ทำงานผิดปกติเข้าทำลายเนื้อสมอง ซึ่งอาจเกิดจากภูมิต้านทานตนเองหรือเกิดตามหลังการติดเชื้อ พบได้ในทุกคนทุกวัย
ชนิดของเชื้อไวรัส เช่น ไข้สมองอักเสบจากการติดเชื้อเจอี เชื้อเริม หรือ เชื้อสุนัขบ้า โรคไข้สมองอักเสบเกิดจากภูมิคุ้มกันที่ผิดปกติ เช่น โรคสมองอักเสบชนิดเอ็นเอ็มดีเอ ซึ่งมักพบในผู้หญิงอายุน้อย และอาจพบร่วมกับเนื้องอกรังไข่ โรคไข้สมองอักเสบภูมิต้านตนเองบางชนิด เช่น โรคไข้สมองอักเสบหลายตำแหน่งที่เกิดขึ้นเฉียบพลัน(ADEM) มักพบหลังการติดเชื้อ
โรคไข้สมองอักเสบจากภูมิต้านตนเองจะมีหลายชนิด ขึ้นกับชนิดของแอนติบอดีที่จำเพาะต่อตัวรับสารสื่อประสาทในสมอง เช่น ตัวรับ NMDA หรือตัวรับของไอออนโปตัสเซียม แอนติบอดีเหล่านี้ถูกผลิตขึ้นในผู้ที่มีโรคไข้สมองอักเสบภูมิต้านตนเองที่ยังไม่ทราบแน่ชัด จำเป็นต้องได้รับการรักษาจากแพทย์และผู้เชี่ยวชาญ