ในปัจจุบันยังไม่มีการรักษาโรคฝีดาษลิงที่เฉพาะเจาะจง แต่สามารถควบคุมการระบาดได้ด้วย การฉีดวัคซีนป้องกันโรคไข้ทรพิษ ซึ่งสามารถป้องกันโรคฝีดาษลิงได้ 85% โดยก่อนหน้าที่จะกวาดล้างไข้ทรพิษได้นั้นมีการฉีดวัคซีนหรือที่เรียกกันว่าการปลูกฝี ซึ่งจะช่วยป้องกันทั้งสองโรคนี้ได้ อย่างไรก็ตาม เด็กที่เกิดหลังปี 2523 จะไม่เคยได้รับการฉีดวัคซีนไข้ทรพิษมาก่อน จึงเป็นกลุ่มที่เสี่ยงต่อโรคฝีดาษลิงมากกว่าประชากรกลุ่มอื่นๆ
สำหรับการป้องกันควบคุมโรค เริ่มต้นด้วยการป้องกันตนเอง คือ 1) หลีกเลี่ยงการสัมผัสโดยตรงกับเลือด สารคัดหลั่ง หรือตุ่มหนองของสัตว์ที่ติดเชื้อหรือสัตว์ป่า 2) หลีกเลี่ยงการกินเนื้อสัตว์ที่ปรุงสุกไม่เพียงพอ 3) หมั่นล้างมือบ่อยๆ ด้วยสบู่และน้ำหรือเจลแอลกอฮอล์เมื่อสัมผัสกับสัตว์หรือคนที่ติดเชื้อ หรือเดินทางเข้าไปในป่า 4) ไม่นำสัตว์ป่ามาเลี้ยงหรือนำเข้าสัตว์จากต่างประเทศโดยไม่มีการ คัดกรองโรค 5) กรณีมีการเดินทางกลับจากประเทศที่เป็นเขตติดโรค ต้องทำการคัดกรองและเฝ้าระวังอาการจนครบ 21 วัน หากมีอาการเจ็บป่วยให้รีบไปพบแพทย์ทันที และทำการแยกกักเพื่อมิให้ผู้ป่วยมีการแพร่กระจายเชื้อ