แต่ในขณะเดียวกัน ก็มีการตรวจพบ สายพันธุ์ย่อยที่สอง (โอมิครอน BA.2) ตั้งแต่ปลายเดือนธันวาคม 2564 และทำท่าว่าจะแพร่เร็วกว่าสายพันธุ์ย่อยที่หนึ่ง
ข้อมูลล่าสุด พบในประเทศต่างๆ 54 ประเทศแล้ว โดยมีประเทศเดนมาร์กเป็นประเทศแรกที่พบ และในขณะนี้ผู้ติดเชื้อในเดนมาร์กกว่าครึ่งเป็นสายพันธุ์ย่อยที่สองแล้ว
รัฐมนตรีว่าการกระทรวงสาธารณสุขเดนมาร์ก และ ผู้บริหารของสถาบันแห่งชาติเดนมาร์ก ได้ให้ข้อมูลว่า สถานการณ์ผู้ติดโควิดของเดนมาร์กกำลังเพิ่มขึ้นอย่างรวดเร็ว โดยมีสายพันธุ์ย่อยที่สองเป็นสายพันธุ์หลัก
จากการคำนวณความสามารถเบื้องต้นพบว่า สายพันธุ์ย่อยที่สองแพร่ระบาดเร็วกว่าสายพันธุ์ย่อยที่หนึ่ง 1.5 เท่า และมักจะแพร่ระบาดในเด็กอายุ 5-17 ปี แต่ยังไม่มีหลักฐานยืนยันว่า สายพันธุ์ย่อยที่สอง จะทำให้เกิดโรคที่รุนแรงถึงขั้นต้องนอนโรงพยาบาลมากกว่าสายพันธุ์ย่อยที่หนึ่ง