สำหรับการใช้อาคารเรือนขังของเรือนจำ มทบ.11 จำนวน 2 อาคาร ทางกรมราชทัณฑ์ได้ดำเนินการก่อสร้างกำแพงเพื่อแบ่งแยกเซตผู้ต้องขังที่เป็นทหาร และผู้ต้องขังที่เป็นพลเรือนให้ชัดเจนและสะดวกต่อการควบคุม โดยขั้นตอนคือการควบคุมผู้ต้องขังใหม่ที่เป็นพลเรือนที่ส่งตัวมาจากศาล กรมราชทัณฑ์จะทำการตรวจหาเชื้อโควิด-19 หากไม่พบเชื้อจะนำผู้ต้องขังใหม่มาควบคุมตัวไว้ที่ เรือนจำ มทบ.11 เป็นเวลา 21 วัน และจะทำการตรวจหาเชื้ออีกครั้ง หากไม่พบเชื้อก็จะนำผู้ต้องขังไปควบคุมที่เรือนจำพลเรือนของกรมราชทัณฑ์ต่อไป ซึ่งระหว่างที่ผู้ต้องขังถูกควบคุมตัว (21 วัน) จะไม่มีการนำผู้ต้องขังออกจากห้องขังแต่อย่างใด