18 มีนาคม 2564 จากสถานการณ์การแพร่ระบาดเชื้อไวรัสโควิด-19 กลุ่มคลัสเตอร์ตลาดบางแคที่ยังระบาดหนักโดยวันนี้พบผู้ติดเชื้อรายใหม่เพิ่ม 92 ราย ล่าสุดโรงเรียนราชินีบน ประกาศปิดโรงเรียนแล้ว โดยนางสาว นางสาวเย็นฤทัย จงถนอม ผู้อํานวยการโรงเรียนราชินีบน ออกประกาศ เรื่อง การปิดสถานศึกษาเนื่องจากเหตุพิเศษ ดังนี้
เนื่องจากทางโรงเรียนได้รับทราบข่าวการติดเชื้อโควิด-19 ของสถาบันกวดวิชาแห่งหนึ่ง จึงได้รีบทําการสํารวจนักเรียนของโรงเรียนราชินีบน พบว่า มีนักเรียนของโรงเรียนบางคนไปเรียนที่สถาบันแห่งนั้นด้วย ดังนั้น เพื่อความปลอดภัยของนักเรียนทุกคนและเพื่อคลายความกังวลของผู้ปกครอง
อาศัยอํานาจตามความในข้อ 4 (1) ของระเบียบกระทรวงศึกษาธิการว่าด้วยปีการศึกษา การเปิดและปิดสถานศึกษา พ.ศ.2549 แก้ไขเพิ่มเติม (ฉบับที่ 2) พ.ศ.2558 โรงเรียนราชินีบนจึงประกาศปิดสถานศึกษาด้วยเหตุพิเศษ หยุดเรียนทุกระดับชั้น ในวันศุกร์ที่ 19 มีนาคม 2564 เพื่อทําความสะอาดครั้งใหญ่ (Big Cleaning) ภายในบริเวณโรงเรียน และให้นักเรียนระดับชั้นปฐมวัยและประถมศึกษามาเรียนตามปกติในวันจันทร์ที่ 22 มีนาคม 2564 สําหรับนักเรียนระดับชั้น มัธยมศึกษามาสอบปลายภาคเรียนที่ 2 ปีการศึกษา 2564 ตามตารางสอบที่โรงเรียนได้แจ้งไปเรียบร้อยแล้ว