ทั้งนี้ อัตราค่าโดยสารของโครงการสายสีเขียวสูงสุดตลอดสายจะอยู่ที่ 158 บาท แต่เพื่อบรรเทาผลกระทบที่เกิดขึ้นกับประชาชนภายใต้สถานการณ์การระบาดของโรค COVID-19 กทม. จะปรับอัตราค่าโดยสารสูงสุดตลอดสายอยู่ที่ 104 บาท ซึ่ง กทม. จะมีผลขาดทุนจากการดำเนินการส่วนต่อขยายประมาณปีละ 3,000-4,000 ล้านบาท เมื่อนับรวมตั้งแต่ปี 64 จนถึงปี 72 จะมีผลขาดทุนถึงประมาณ 30,000-40,000 ล้านบาท
ทั้งนี้ ที่ผ่านมา กทม.ได้ตระหนักถึงผลกระทบของประชาชนกับการปรับค่าโดยสาร โดยพยายามหาทางแก้ไข รวมถึงศึกษาแนวทางต่างๆ ซึ่ง กทม. เห็นว่าแนวทางร่วมลงทุนระหว่างรัฐและเอกชน (Public-Private Partnership: PPP) เหมาะสมและดีที่สุดที่จะมาแก้ปัญหาโครงการรถไฟฟ้าสายสีเขียว โดยจะให้เอกชนเข้ามารับภาระหนี้สินของ กทม. เพื่อที่จะทำให้ กทม. สามารถกำหนดอัตราค่าโดยสารที่ไม่เป็นภาระต่อประชาชนจนเกินสมควร และ จะทำให้ประชาชนได้รับบริการสาธารณะที่ปลอดภัย สะดวก และมีประสิทธิภาพเหมือนเดิม