จนกระทั่งในปี ๒๕๕๙ "พระที่นั่งวิมานเมฆ" นั้นมีอายุการใช้งานเป็นเวลานาน ๑๒๐ กว่าปี เกิดการทรุดตัวของอาคารทำให้ได้รับความเสียหาย จากนั้นในปี ๒๕๖๐ เกิดโครงการการปรับปรุงโครงสร้างชั้นใต้ดินของ "พระที่นั่งวิมานเมฆ" ขึ้น เป็นโครงการก่อสร้างกิจกรรมพิเศษในพระบรมวงศานุวงศ์ กรมโยธาธิการและผังเมือง
งานปรับปรุง "พระที่นั่งวิมานเมฆ" เฉพาะส่วนงานโครงสร้างชั้นใต้ดิน ได้แก่ งานรื้อถอนพื้นพร้อมโครงสร้างพื้น ผนังก่ออิฐเดิม คาน-เสาคอนกรีต เสริมเหล็ก เสาเข็มไม้และงานระบบไฟฟ้า งานระบบสุขาภิบาล งานระบบปรับอากาศและระบายอากาศ
ซึ่งการปรับปรุงจะต้องดําเนินการ ไปพร้อม ๆ กับงานรื้อถอน โดยใช้เหล็กเพื่อเสริมค้ำยันโครงสร้างเดิมไปพร้อม ๆ กัน เพื่อรับน้ําหนักตัวอาคารเดิมระหว่างจัดทําโครงสร้างใหม่ ตอกเข็ม STEEL MICRO PILE ขนาด ๑๖๕.๒ มม. รับน้ําหนักปลอดภัย ๑๖ ตัน/ต้น ตอกแบบใช้อุปกรณ์เครื่องมือป้องกันการสั่นสะเทือน ดําเนินการดีดอาคาร ๘ เหลี่ยม ขึ้น ๓๐ เซนติเมตร พร้อมรื้อถอนโครงสร้างเดิมและจัดทําโครงสร้างใหม่
ดังนั้น ทุกคนไม่ต้องตระหนกตกใจไปว่าแค่ปรับปรุงแล้วไฉนต้องรื้อลงทั้งพระที่นั่ง อย่าแปลกใจไปเลย เพราะพระที่นั่งองค์เดิมก็ตั้งอยู่บนเกาะสีชัง จากนั้นก็ถูกรื้อลงแล้วย้ายมาสร้างไว้ที่พระราชวังดุสิตเช่นเดียวกัน