เพลิงได้เผาไหม้บ้านเรือนไป 13,000 หลัง โบสถ์ 87 แห่ง รวมถึงมหาวิหารเซนต์พอล โบสถ์สำคัญของอังกฤษและอาคารที่ทำการของทางการเกือบทั้งหมด ประมาณว่าเพลิงได้ทำให้ประชากร 70,000 คนจากทั้งหมดประมาณ80,000 คนไร้ที่อยู่อาศัย ส่วนจำนวนผู้เสียชีวิตไม่เป็นที่ทราบแน่ชัด แต่ประมาณว่ามีจำนวนไม่มากเนื่องจากมีการแจ้งยืนยันบุคคลผู้เสียชีวิตที่บันทึกไว้น้อย เหตุผลดังกล่าวได้ถูกยกมาถกเถียงในภายหลังว่า ประชากรผู้ยากไร้และคนชั้นกลางในสมัยนั้นไม่มีชื่อในทะเบียน และเพลิงอันรุนแรงอาจเผาศพจนเป็นเถ้าถ่านหรือจนดูไม่ออก
ต้นเพลิงเริ่มที่ร้านทำขนมปังของโทมัส ฟาริเนอร์ในตรอกพุดดิงหลังเที่ยงคืนเล็กน้อยและลุกลามอย่างรวดเร็ว การใช้อุปกรณ์สำหรับดับเพลิงในสมัยนั้นและการใช้เทคนิคการรื้อทำลายอาคารเพื่อตัดเป็นแนวกันไฟได้รับการอนุมัติช้ามากจากนายกเทศมนตรีของลอนดอนคือ เซอร์โทมัส บลัดเวิร์ธ ครั้นเมื่อได้รับการอนุมัติให้รื้อทุบอาคารเป็นแนวกันไฟก็ได้เกิดลมแรงกรรโชกไฟจากโรงทำขนมปังลามไปติดอาคารโดยรอบกลายเป็นทะเลเพลิงไปแล้ว