พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวฯ จึงทรงมีพระราชดำริให้หน่วยงานที่เกี่ยวข้อง อาทิ กรมชลประทาน จังหวัดสมุทรปราการ กรมทางหลวง กรมเจ้าท่า กรมอุทกศาสตร์ กองทัพเรือ ร่วมกันเร่งศึกษาพิจารณาวางโครงการ และดำเนินการปรับปรุงขุดลอกคลองลัดโพธิ์ พร้อมก่อสร้างอาคารประกอบในคลองลัดโพธิ์ตามความเหมาะสม ซึ่งจะเป็นผลดีต่อการแก้ไขปัญหาน้ำท่วมบริเวณพื้นที่กรุงเทพฯ และปริมณฑล
นั่นจึงเกิด "โครงการประตูระบายน้ำคลองลัดโพธิ์" อันเนื่องมาจากพระราชดำริขึ้นมา เป็นการบริหารจัดการน้ำเพื่อแก้ปัญหาน้ำท่วมกรุงเทพมหานคร โดยยึดหลักการ "เบี่ยงน้ำ" (Diversion) ภายใต้การดูแลของหน่วยงานหลัก 3 หน่วยงานคือ กรมชลประทาน กรุงเทพมหานคร และคณะกรรมการพิเศษเพื่อประสานงานโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริ (กปร.)
ภายใต้มีหลักการที่ว่า สภาพของแม่น้ำเจ้าพระยาเดิมที่ไหลวนคดเคี้ยวบริเวณรอบพื้นที่บริเวณบางกะเจ้า มีความยาวถึง 18 กิโลเมตร ทำให้การระบายน้ำที่ท่วมพื้นที่ชั้นในของกรุงเทพมหานครเป็นไปได้ช้า ไม่ทันเวลาน้ำทะเลหนุน พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวฯ จึงมีพระราชดำริให้พัฒนาใช้คลองลัดโพธิ์ ซึ่งเดิมมีความตื้นเขิน มีความยาวราว 600 เมตร ให้ใช้ระบายน้ำที่หลากและน้ำที่ท่วมทางสองฝั่งของแม่น้ำเจ้าพระยาลงสู่ทะเลทันทีในช่วงก่อนที่น้ำทะเลหนุน และปิดคลองลัดโพธิ์เมื่อน้ำทะเลหนุน เพื่อหน่วงน้ำทะเลไม่ให้ขึ้นลัดเลาะไปตามแนวแม่น้ำเจ้าพระยาที่คดโค้งถึง 18 กิโลเมตรก่อนซึ่งใช้เวลามากจนถึงเวลาน้ำลง ทำให้ไม่สามารถขึ้นไปท่วมตัวเมืองได้