รัฐมนตรีกลาโหม ออสก้าร์ อากูอัด เปิดเผยว่า กองทัพเรืออาร์เจนติน่าไม่มีเรือดำน้ำที่มีเทคโนโลยีสมัยใหม่ในการดำลงไปที่พื้นมหาสมุทรเพื่อสำรวจซากเรือ เออาร์เอ ซานฮวน หลังจากที่พบซากเรืออยู่ที่ระดับความลึก 800 เมตรนอกชายฝั่งคาบสมุทรวัลเดส เขาบอกว่าตอนนี้ เจ้าหน้าที่จำเป็นต้องพิจารณาถึงเรื่องการดำเนินการขั้นต่อไป
เรือลำนี้ ถูกพบ 1 วันหลังจากที่เพิ่งมีการรำลึกวันครบรอบ 1 ปีการสูญหายของเรือเมื่อ 15 พฤศจิกายน 2560
ขณะที่ประธานาเมาริซิโอ มาครี สัญญาว่าจะให้มีการสอบสวนอย่างเต็มที่สำหรับกรณี การสูญหายของเรือ โดยหลังจากที่เรือสูญหาย ก็ได้มีการสั่งปลดผู้บัญชาการกองทัพเรือไปก่อนแล้ว
โดยในช่วงก่อนที่จะหายไป เรือซานฮวนกำลังเดินทางกลับฐานที่เมือง มาร์ เดล พลาต้า หลังจากนั้น 18 ชาติก็ได้เข้าร่วมในการค้นหาเรือ แต่ก็ไร้ร่องรอย ขณะที่กองทัพเรือยังคงเดินหน้าค้นหาต่อจนเจอซากเรือในที่สุด
เรือลำนี้เป็นเรือดำน้ำดีเซลไฟฟ้า ชั้น TR-1700 ต่อในเยอรมนี มันถูกนำเข้าประจำการช่วงกลางทศวรรษที่ 1980 และได้รับการปรับปรุงครั้งใหญ่ระหว่างปี 2551 - 2557
ในการปรับปรุงด้วยงบ 12 ล้านดอลล่าร์ เรือถูกตัดครึ่ง มีการเปลี่ยนเครื่องยนต์และแบตเตอรี่ ผู้เชี่ยวชาญบอกว่างานนี้เป็นงานยาก เมื่อต้องเชื่อมระบบต่าง ๆ ของผู้ผลิตหลายจ้าวเข้าด้วยกัน ความผิดพลาดใด ๆ อาจจะส่งผลต่อความปลอดภัยของเรือและลูกเรือได้
ซึ่งก่อนที่เรือจะจม ก็มีรายงานว่าน้ำได้เข้าไปในเรือ ทำให้แบตเตอร์รี่เกิดไฟฟ้าลัดวงจร ต่อมาอีกไม่กี่ชั่วโมง ก็มีข้อมูลว่าเกิดการระเบิดในบริเวณที่เรือลอยลำอยู่ และในช่วงเวลาที่มันหายไป ซึ่งผู้เชี่ยวชาญบอกว่าการระเบิดอาจจะเกิดจากการสะสมตัวของแก๊สไฮโดรเจน จากปัญหากับแบตเตอร์รี่ตามที่มีการรายงานในตอนแรก