คุณหมอธีระเกียรติ เจริญเศรษฐศิลป์ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการ บอกว่า เมื่อเร็วๆ นี้ ได้ลงนามในหนังสือขอใช้อำนาจหัวหน้า คสช. ตามมาตรา 44 เพื่อแก้ปัญหาธรรมาภิบาลในสถาบันอุดมศึกษา ตามคำสั่งหัวหน้า คสช.ที่ 39/2559 โดยดำเนินการกับมหาวิทยาลัย 2 แห่ง คือ มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลล้านนา และมหาวิทยาลัยแม่โจ้ โดยได้ส่งหนังสือเสนอไปยัง คสช.แล้ว ต่อจากนี้ คสช.จะพิจารณา หากเห็นชอบก็จะประกาศในราชกิจจานุเบกษา โดยตามขั้นตอนเมื่อมีการประกาศแล้ว ทางคณะกรรมการการอุดมศึกษา หรือ กกอ. จะเป็นผู้เสนอรายชื่อ "คณะกรรมการควบคุม" (หมายถึงคณะบุคคลที่จะเข้าไปควบคุมการบริหารงานในมหาวิทยาลัยที่โดน ม.44) รวมถึงผู้ที่จะปฏิบัติหน้าที่แทนอธิการบดี แล้วส่งมาให้รัฐมนตรีศึกษาฯพิจารณาแต่งตั้งต่อไป
คุณหมอธีระเกียรติ บอกด้วยว่า เรื่องนี้เป็นความเห็นของ กกอ. ที่เป็นคณะกรรมการที่ดูแลอุดมศึกษาทั้งหมด ดังนั้นการดำเนินการต่างๆ ถือว่ามีธรรมาภิบาล มีความเป็นธรรมอยู่แล้ว ซึ่งคาดว่าจะดำเนินการจะไม่ล่าช้าอย่างแน่นอน
ก่อนหน้านี้ เมื่อวันจันทร์ที่ 4 มิถุนายนที่ผ่านมา "4 องค์กรเสาหลัก" ของมหาวิทยาลัยแม่โจ้ นำโดยคณะผู้บริหาร และสภามหาวิทยาลัย ได้จัดแถลงข่าวใหญ่แสดงจุดยืนไม่เห็นด้วยกับการที่มหาวิทยาลัยจะโดน ม.44 มีการปลุกกระแสคัดค้าน และสร้างความเกลียดชังกลุ่มคณาจารย์ที่ออกมาร้องเรียนปัญหาธรรมาภิบาลกับองค์กรตรวจสอบภายนอกมหาวิทยาลัย ทั้ง กกอ. และคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งขาติ หรือ ป.ป.ช. ซึ่งคณาจารย์เหล่านี้ หลายคนก็ถูกกลั่นแกล้งด้วยการตั้งคณะกรรมการสอบสวนทางวินัย บางรายก็มีแนวโน้มถูกเลิกจ้าง บ้างก็ถูกลดชั่วโมงสอน
ในวันแถลงข่าว มีศิษย์เก่าบางรายเข้าร่วมด้วย ศิษย์เก่าซึ่งเป็นเพื่อนรุ่นเดียวกับอธิการบดี ถึงกับใช้ถ้อยคำหยาบคายด่าทอ กกอ.และคณาจารย์ที่ออกมาเรียกร้องธรรมาภิบาล
สำหรับมหาวิทยาลัยแม่โจ้ ถูก กกอ.เสนอให้รัฐมนตรีศึกษาฯใช้มาตรา 44 มาแล้วหลายรอบ เนื่องจากผู้บริหารถูกร้องเรียนปัญหาธรรมาภิบาล ทั้งใช้รถของทางราชการ ทั้งๆ ที่เบิกค่าเดินทางแบบเหมาจ่ายตามระเบียบกระทรวงการคลังไปแล้วเดือนละกว่า 3 หมื่นบาท และยังมีการจัดทอดผ้าป่าสามัคคีเสริมบารมีตัวเอง ที่ผ่านมา คุณหมอธีระเกียรติ ได้ให้นโยบาย "ใช้กฎหมายปกติดำเนินการไปก่อน" จึงมีการประสานนายกสภามหาวิทยาลัยไปแก้ปัญหา แต่ปรากฏว่าไม่มีความคืบหน้า ทาง กกอ.จึงประชุมกันและยืนยันมติไปอีกครั้ง ทำให้คุณหมอธีระเกียรติ ตัดสินใจใช้มาตรา 44 ในที่สุด
ส่วนมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลล้านนา มีปัญหาธรรมาภิบาลเช่นกัน และยังมีกรรมการสภามหาวิทยาลัยกับทะยอยผู้บริหารลาออกไปหลายคน จึงคาดว่าจะต้องตั้งคณะกรรมการเข้าไปดูแล ทั้งในส่วนของฝ่ายบริหาร และสภามหาวิทยาลัย