ช่องว่างที่ทำให้เกิดทุจริตคือ การเปลี่ยนระบบการจ่ายเงินของกองทุน เมื่อปี 2546 จากเดิมที่ใช้ตั๋วแลกเงิน มาเป็นวิธีการโอนเงินเข้าบัญชีสถานศึกษาโดยตรง
ซึ่งจากการตรวจสอบเสินทางการเงินพบว่าในปีดังกล่าว นางรจนา สินที อดีตข้าราชการการระดับซี 8 ของกระทรวงศึกษาธิการ ในฐานะผู้ดูแลกองทุน เริ่มมีพฤติการณ์ทุจริต โดยเบิกจ่ายเงินเข้าบัญชีบุคคลอื่นที่ไม่เกี่ยวข้อง ทั้งคนใกล้ชิด และเครือญาติ
รวมถึงบัญชีส่วนตัวนางรจนาเอง นอกจากนี้ที่ผิดแปลกไปคือ มีการโอนเงินเข้าบัญชีของนายตำรวจ ยศพลตำรวจตรีนายหนึ่ง รวมถึงบัญชีวัด และโรงเรียนมัธยมแห่งหนึ่งในกรุงเทพฯ ทั้งที่ไม่อยู่ในข่ายได้รับทุน
โดยคณะกรรมการฯ กำลังตรวจสอบเชิงลึกว่า บุคคลและหน่วยงานเหล่านี้ เข้ามาเกี่ยวข้องหรือมีความสัมพันธ์กับนางรจนาอย่างไร รู้เห็นกับการทุจริตหรือไม่
ส่วนรูปแบบการโอนเงินพบว่า นางรจนาเบิกจ่ายเงินผ่านกองคลัง ของสำนักงานปลัดกระทรวงศึกษาธิการ
หรือ สปศธ. ซึ่งเป็นไปไม่ได้ที่นางรจนาจะทำเรื่องนี้เพียงคนเดียว โดยไม่มีเจ้าหน้าที่รู้เห็น และขณะนี้อยู่ระหว่างการเรียกบุคคลที่เกี่ยวข้องกว่า 50 คนมาสอบปากคำ
แต่มีบุคคลที่มีตัวตนจริงเพียง 20 กว่าคนเท่านั้น แต่จำนวนที่ซ้ำ เนื่องจากหมุนเวียนหน้าที่กันทำตลอด 10 ปีที่ผ่านมา
นอกจากนี้มีรายงานเพิ่มเติมว่า เมื่อช่วงเช้าที่ผ่านมา ทางคณะกรรมการฯ ได้เข้าไปที่โต๊ะทำงานของนางรจนา ภายในสำนักส่งเสริมกิจการการศึกษา สำนักงานปลัดกระทรวงศึกษาธิการ เพื่ออายัดเอกสารหลักฐานที่เกี่ยวข้องกับกองทุน และในวันพรุ่งนี้ (3 เม.ย.) เวลา 14.00 น.
ซึ่งคณะกรรมการฯ นำโดยนายอรรถพล ตรึกตรอง จะลงพื้นที่ จ.นครศรีธรรมราช เพื่อตรวจสอบทุจริตเงินกองทุนเสมาตามที่ได้รับการร้องเรียน โดยมีโรงเรียน 5 แห่งในพื้นที่ 4 จังหวัดภาคใต้
ทั้งจังหวัดพัทลุง สุราษฎร์ธานี ชุมพร และนครศรีธรรมราช เตรียมเอกสารหลักฐานพร้อมเข้าให้ข้อมูลกับคณะกรรมการฯ ขณะเดียวกันได้ส่งเจ้าหน้าที่อีกชุด ลงพื้นที่ จ.ลำปาง เพื่อขยายผลตรวจสอบโรงเรียนในพื้นที่ภาคเหนือด้วย