ปี 2549 มีการรัฐประหาร และตั้ง คสต.ตรวจสอบเรื่องต่างๆ รวมถึงกรณีธนาคารกรุงไทย ปล่อยกู้ให้กับเครือ บริษัทกฤษดามหานคร ในชั้นไต่สวนของ คตส. วิโรจน์ รับสารภาพว่า "บิ๊กบอส" เป็นคนสั่งการปี 2551 คสต.หมดวาระลง จึงส่งงให้ ป.ป.ช.พิจารณาต่อมิถุนายน 2551 ป.ป.ช.มีมติชี้มูลความผิด ทักษิณ ชินวัตร กับพวกรวม 27 คน โดยส่งสำนวนให้อัยการสูงสุด และตั้งกรรมการร่วม พิจารณานานกว่า 4 ปี กระทั่งเดือนมิถุนายน 2555 อัยการสูงสุด จึงมีมติยื่นฟ้องต่อศาลฎีกานักการเมือง