ปัจจุบันนกเงือกได้ถูกคุกคามเป็นอย่างมากทั้งทางตรงและทางอ้อม จนตกอยู่ในสภาวะใกล้สูญพันธุ์ ซึ่งศัตรูตัวฉกาจของนกเงือกก็คือมนุษย์นั่นเอง โดยเฉพาะในผืนป่าจังหวัดชายแดนภาคใต้ที่มีนกเงือกอาศัยอยู่มากที่สุดถึง 10 ชนิด จากที่พบ 13 ชนิดในประเทศไทย ซึ่งในแต่ละปีลูกนกจะถูกล่าเพื่อนำไปขาย โดยเฉพาะผู้มีอิทธิพลในพื้นที่หรือแม้แต่ภายนอก เนื่องจากนกเงือกเป็นสัตว์คุ้มครอง ฉะนั้นใครสามารถนำมาเลี้ยงได้แสดงให้เป็นถึงอำนาจบารมีของตนเองที่อำนาจรัฐไม่สามารถเอื้อมมือเข้าไปถึง
ปัญหาที่ส่งผลกระทบอย่างหนักอีกอย่างหนึ่งคือการตัดไม้ทำลายป่าหรือทำไม้เถื่อนใน เพราะนกเงือกอาศัยโพรงบนต้นไม้ใหญ่กลางป่าหรือภูเขาสูงเป็นที่ขยายเผ่าพันธุ์ เมื่อไม้เหล่านี้ถูกโค่นนกก็จะไม่มีที่อยู่ เนื่องจากตามธรรมชาตินกเงือก จะใช้โพรงเดิมในการวางใข่ออกลูก บางครั้งต้นไม้ที่ล้มลงพบแม่นก ลูกนกตายคาอยู่ในโพรงเป็นที่เศร้าใจเป็นอย่างมาก