คดีเงินทอนวัด เริ่มเมื่อกลางปี 2560 จากการเข้าร้องเรียนของเจ้าอาวาสวัดห้วยตะแกละ จ.เพชรบุรี แจ้งความกับกองบังคับการป้องกันปราบปรามการทุจริตและประพฤติมิชอบ หรือ "ปปป." เปิดโปงข้าราชการสำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ โอนเงิน 10 ล้านบาท ให้กับวัด เพื่อสร้างอุโบสถ แต่วัด ต้องโอนกลับคืนให้กับข้าราชการสำนักพุทธฯ 9 ล้านบาท ส่อพฤติกรรมมีพิรุธ "สำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ" หรือ พศ. จึงเดินหน้าตรวจสอบทุจริตเงินทอนวัด ร่วมกับ ปปป.
คดีเงินทอนวัดล็อตแรก ตรวจสอบบ้านพักข้าราชการระดับสูงของสำนักพุทธฯ ทั้งในพื้นที่กรุงเทพฯ และต่างจังหวัด รวม 10 จุด พบเอกสารการทุจริตงบบูรณะ และปฏิสังขรวัด ตั้งแต่ปี 2555 - 2559 จ่ายเงินให้ 33 วัด พบการทุจริต 12 วัด มีข้าราชการระดับสูงของสำนักพุทธฯ เกี่ยวข้อง 10 คน มูลค่าความเสียหายกว่า 60 ล้านบาท
ล็อตที่ 2 ตรวจสอบงบปฏิสังขรและพัฒนาวัด งบอุดหนุนเพื่อเผยแผ่ศาสนา และงบการศึกษาพระปริยัติธรรม พบทุจริต "เงินทอน" 23 วัด วงเงินงบประมาณ 141 ล้านบาท มีผู้เกี่ยวข้อง 19 คน เป็นข้าราชการ 3 คน พลเรือน 2 คน และพระสงฆ์ 4 รูป
นำไปสู่การตรวจสอบล็อตที่ 3 สร้างความฮือฮาให้กับสังคม และพุทธศาสนิกชนอย่างยิ่ง เนื่องจากพบทุจริต "เงินทอนวัดดัง” ใน กทม. 3 วัด คือ วัดสระเกศราชวรมหาวิหาร วัดสัมพันธวงศาราม และวัดสามพระยา ส่วนข้าราชการ สำนักพุทธฯ ที่ร่วมทุจริต ยังเป็นกลุ่มเดียว กับล็อตที่ 1 ถึงล็อตที่ 3 ตรวจสอบพระเถระชั้นผู้ใหญ่ 5 รูป และจับกุมผู้ที่เกี่ยวข้องอื่นๆ ทั้งอดีตผู้อำนวยการสำนักพุทธฯ และพลเรือน ความเสียหาย 69 ล้านบาท
จากคดีเงินทอนวัดล็อตแรก จนถึงปัจจุบัน ตำรวจ ปปป. ยังเดินหน้าเอาผิดกลุ่ม “อลัชชี” เป็นล็อตที่ 4 ตรวจค้นกุฏิเจ้าคุณแจ๊ค เจ้าอาวาสวัดเขาทุเรียน จ.นครนายก ตอนนี้ถูกจับกุมแล้ว หลังพบว่ามีเอี่ยวกับการทุจริตเงินทอนวัด กว่า 110 ล้านบาท
คดีเงินทอนวัด จากล็อตแรก ถึงล็อตที่ 4 หากนับจากปี 2560 ถึงวันนี้ มีวัดที่เกี่ยวข้องแล้ว 40 วัด มูลค่าความเสียหายเกือบ 400 ล้านบาท โดยมีสำนวนคดีที่สั่งฟ้องแล้ว และคดีที่อยู่ในชั้นการพิจารณาไต่สวนของ ป.ป.ช.อีกประมาณ 30 สำนวน
ล่าสุด ป.ป.ช.ชี้มูลความผิดกรณีกล่าวหา อดีตผู้อำนวยการสำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ 2 คน คือ นพรัตน์ เบญจวัฒนานันท์ และ พนม ศรศิลป์ กับพวกร่วมทุจริตเงินทอดวัด
คดีที่ ป.ป.ช.ชี้มูล ล่าสุดในส่วนของ นพรัตน์ เบญจวัฒนานันท์ ประกอบด้วย
วัดที่ 6 เกี่ยวข้อกับการกระทำผิดชอง พนม ศรี ศิลป์ คือ
ส่วนการติดตามทรัพย์สินของผู้กระทำผิด คณะกรรการธุรกรรมปปง. มีมติให้ยึดและอายัดทรัพย์สิน ของ นพรัตน์ เบญจวัฒนานนท์ กับพวก รวมรวม 4 ครั้ง มูลค่ากว่า 92 ล้านบาท
ทุจริตเงินทอนวัด เป็นรูปแบบการกระทำความผิดงบประมาณ โดยอาศัยช่องว่างและการล็อคเสปกกรรมการอนุมัติ โดยไม่มีการกำกับติดตามสร้างความเสียหายแก่งบประมาณแผ่นดิน