2) การสะสมคาร์บอนในดินมีความไม่แน่นอนสูงและวัดค่ายาก
3) ส่งผลกระทบต่อความมั่นคงและอธิปไตยทางอาหาร เกษตรกรอาจต้องพึ่งพาธุรกิจการเกษตรข้ามชาติเพิ่มขึ้น เช่น ซื้อเมล็ดพันธุ์พืช GM ปุ๋ยเคมี สารปราบศัตรูพืช หรืออาหารสัตว์ชนิดพิเศษที่มีการพัฒนาเพื่อช่วยให้การปล่อยก๊าซเรือนกระจกลดลง และเพิ่มการกักก็บคาร์บอนในดิน อีกทั้งความสามารถในการกักเก็บคาร์บอนในแต่ละพื้นที่ที่ไม่เท่ากัน อาจนำไปสู่ปัญหาราคาที่ดินแพงและการแก่งแย่งที่ดิน ดังนั้น ฟาร์มคาร์บอนจึงไม่ควรถูกจัดตั้งขึ้นเพื่อชดเชยการปล่อยก๊าชเรือนกระจกของภาคอื่นๆ แต่ควรเป็นโครงการที่มุ่งสนับสนุนให้เกษตรกรเปลี่ยนไปสู่แนวทางปฏิบัติทางการเกษตรที่ดีต่อสิ่งแวดล้อมและยั่งยืน
ตัวอย่างโครงการในสหภาพยุโรปที่มุ่งลดการปล่อยก๊าซเรือนกระจกจากภาคเกษตร และเพิ่มการกักเก็บคาร์บอนในดิน เช่น
1. โครงการ CAP'2ER ของฝรั่งเศส โครงการให้ข้อมูลและสร้างความรับรู้ที่นำเสนอเครื่องมือวัดผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อมจากการเลี้ยงปศุสัตว์ โดยเป็นเครื่องมือออนไลน์ที่ใช้ง่าย และไม่มีค่าใช้จ่ายสำหรับประชาชน นักศึกษา เกษตรกร หรือที่ปรึกษา เพื่อใช้เป็นข้อมูลช่วยในการตัดสินใจ นำไปสู่ทางเลือกหรือแนวทางผลิตสินค้าปศุสัตว์ที่เป็นมิตรต่อสิ่งแวดล้อมและสภาพภูมิอากาศ และ Cool Farm Too ของสหราชอาณาจักร ที่เป็นเครื่องมือคำนวณปริมาณการปล่อยก๊าซเรือนกระจกและการกักเก็บคาร์บอนในดินของฟาร์ม รวมทั้งชี้จุดเสี่ยง (hotspots) และเสนอแนะแผนปฏิบัติการที่เหมาะสมกับฟาร์มที่ช่วยลดการปล่อยก็าซเรือนกระจกและผลกระทบต่อโลกร้อน
2. มาตรการเกษตร-สิ่งแวดล้อม-สภาพภูมิอากาศ โดยการจ่ายเงินช่วยเหลือผ่านนโยบายเกษตรร่วม (CAP) เพื่อชดเชยตันทุนที่สูงขึ้น/รายได้ที่ลดลงให้แก่เกษตรกรในการเปลี่ยนไปสู่แนวทางการจัดการฟาร์มที่ดีต่อเกษตร-สิ่งแวตล้อม-สภาพภูมิอากาศ อาทิ เกษตรอินทรีย์ การปลูกพืชที่หลากหลาย พืชหมุนเวียน และการจัดการดิน เป็นต้น
3. การอุดหนุนผ่านโครงการ LIFE และ EIP-AGRI สหภาพยุโรปสนับสนุนโครงการสิ่งแวดล้อมและการดำเนินงานด้านสภาพภูมิอากาศผ่าน LIFE Programme ประมาณ 125,800 ล้านบาท ในระหว่างปี 2557-2563 และให้เงินอุดหนุนการทำงานของ EIP.AGRI เพื่อสนับสนุนการพัฒนานวัตกรรมที่เกี่ยวข้องกับฬาร์มคาร์บอน อาทิ โครงการ OLIVE4CLIMATE ที่มุ่งลดคาร์บอนฟุตพริ้นท์ พัฒนากระบวนการผลิตน้ำมันมะกอกที่ยั่งยืน และรับรองคาร์บอนเครดิตจากการลดก๊าซเรือนกระจกและเพิ่มการกักเก็บคาร์บอนของสวนมะกอก และโครงการ AGRESTIC ที่ผลักนให้เกษตรกรนำนวัตกรรม หรือระบบปลูกพืชที่ลดผลกระทบต่อการเปลี่ยนแ แปลงสภาพภูมิอากาศ และเพิ่มประสิทธิภาพในการเพาะปลูก รวมถึงเทคนิคที่ช่วยเพิ่มอินทรีย์คาร์บอนและการกักเก็บคาร์บอนในดิน อาทิ การปลูกพืขตระกูลถั่วหรือพืชที่โตเร็ว (catch crops) ร่วมกับการปลูกธัญพืชแบบหมุนเวียน
4. ตลาดคาร์บอนแบบสมัครใจ หรือ Voluntary Carbon Market บางประเทศสมาชิกฯ มีการซื้อขายคาร์บอนเครดิตในตลาดคาร์บอนในลักษณะสมัครใจ เพื่อสนับสนุนโครงการด้านสิ่งแวดล้อม อาทิ โครงการ MoorFutures เพื่อฟื้นฟูป่าพรุทางตอนเหนือของเยอรมนี และโครงการ Carbon AGR! เพื่อลดการปล่อยก็ซเรือนกระจกจากฟาร์มของฝรั่งเศส
5. โครงการความร่วมมือภายในห่วงโซ่อุปทานอาหาร บางโครงการในสหภาพยุโรปเกิดจากความคิดริเริ่มของร้านค้าปลีกหรือบริษัทอาหาร โดยใช้วิธีจ่ายผลตอบแทนเพิ่มขึ้นให้แก่เกษตรกรที่ยอมรับเงื่อนไขในการดูแลรักษาสิ่งแวดล้อมและสภาพภูมิอากาศ อาทิ บริษัท อาหาร SPAR ร่วมกับองค์กร WWF ในออสเตรีย ได้ดำเนินโครงการ "Healthy Soils for Healthy Food" เพื่อสนับสนุนให้เกษตรกรทำการเกษตรตามแนวทางการอนุรักษ์ดิน เป็นต้น