ข้อเสียของการมีหลุมอากาศที่เยอะขึ้น นอกจากการบินที่ยากขึ้น ยังมีราคาที่ต้องจ่ายอีกด้วย ทั้งราคาที่เป็นเงินจริงๆ และผลเสียที่เกิดขึ้นกับสิ่งแวดล้อม อุตสาหกรรมการบินในสหรัฐอเมริกาต้องเสียเงินจำนวนกว่า 5,000 ล้านถึง 17,000 ล้านบาทในแต่ละปีเพื่อซ่อมแซมเครื่องบินที่ชำรุดจากการตกหลุมอากาศ ส่วนในด้านสิ่งแวดล้อม การที่นักบินต้องบินระยะทางที่ไกลขึ้นเพื่อหลบเลี่ยงหลุมอากาศนั้นแสดงว่าเครื่องบินต้องปล่อยไอเสียเพิ่มขึ้นด้วย ไอเสียนั้นมีทั้งก๊าซคาร์บอนไดออกไซด์และก๊าซเรือนกระจกอื่นๆ ที่ทำร้ายโลก
อย่างไรก็ตาม ปัญหาหลุมอากาศที่เกิดขึ้นจำนวนมากในตอนนี้เนื่องจาก Climate change ซึ่งมนุษย์ทำอะไรไม่ได้มากนอกจากพัฒนาเทคโนโลยีพยากรณ์หลุมอากาศให้แม่นยำมากขึ้นเพื่อเตรียมรับมือกับหลุมอากาศที่จะเกิดถี่ขึ้นเรื่อย ๆ ในอนาค เว้นเสียแต่ว่ามนุษย์ หรือนักวิทยาศาสตร์จะสามารถชะลอหรือหยุดยั้งภาวะโลกรวนที่กำลังเกิดขึ้นไว้ได้