สำหรับ สุกัญญา มิเกล ตัดสินใจแยกทางกับอดีตสามี "พรชัย ศรีขจร" เมื่อปี2558 หลังใช้ชีวิตคู่มาด้วยกันนานถึง 18 ปี มีทายาทร่วมกัน 2 คน หลังการหย่าร้าง "น้องเลอร์เบียร์"ลูกสาวคนโตตัดสินใจไปอยู่กับพ่อ ส่วน "น้องทาร์เนียร์"ลูกชายคนเล็กอยู่กับแม่ตามคำสั่งศาล สองปีต่อมาทางด้านของนักร้องหญิงจะออกมาให้สัมภาษณ์ว่าเธอได้พยายามยื่นเรื่องต่อศาลเพื่อขอนำลูกสาวมาอยู่ในความปกครองพร้อมให้เหตุผลว่าเป็นห่วง เนื่องจากอดีตสามีพาลูกสาวไปอยู่ในชุมชนที่ไม่ปลอดภัย
จากนั้นเมื่อวันที่ 6 กันยายน 2562 มิเกลได้สร้างความฮือฮาให้แฟน ๆ อีกครั้ง ด้วยการเข้าพิธีแต่งงานครั้งที่สองกับ"จอม สุพินดา" แฟนสาวนอกวงการ ทั้งยังออกมายอมรับว่าชอบเพศเดียวกัน และเชื่อว่าความรักในเพศที่สามมีอยู่จริง