"สำหรับข้อวิจารณ์เรื่องงบประมาณ กอ.รมน. 5,737,390,300 บาทนั้น งบดังกล่าวประกอบด้วย 7 แผนงาน แบ่งเป็น 3 กลุ่ม ได้แก่ งบบุคลากรภาครัฐ 766,333,400 บาท งบแก้ไขปัญหาอื่นๆ 615,809,100 บาท และงบยุทธศาสตร์ขับเคลื่อนการแก้ไขปัญหาจังหวัดชายแดนใต้ 4,355,247,800 บาท ซึ่งเป็นงบก้อนใหญ่ที่สุด โดยงบจังหวัดชายแดนใต้ส่วนใหญ่เป็นงบตามสิทธิด้านกำลังพลและงบดำเนินงาน ที่เหลือเป็นงบเพื่อป้องกันชีวิตและทรัพย์สินของกำลังพล รวมถึงประชาชนในพื้นที่ให้เกิดความปลอดภัย จึงไม่ควรสรุปว่าเป็นงบที่ไม่มีเหตุผล โดยไม่ดูภารกิจจริงและบริบทของพื้นที่" พล.อ.ชัยพฤกษ์ ระบุ
พล.อ.ชัยพฤกษ์ กล่าวว่า สำหรับกำลังพลประจำของ กอ.รมน.มีข้าราชการประจำ 127 คน พนักงานราชการ 163 คน และลูกจ้างชั่วคราว 2 คน ส่วนที่เหลือเป็นกำลังพลที่มาช่วยราชการจากเหล่าทัพ ตำรวจ และข้าราชการพลเรือน ซึ่งช่วยประหยัดงบบุคลากรในการปฏิบัติงานได้จำนวนมาก
“การวิจารณ์หน่วยงานทำได้ แต่ควรอยู่บนข้อมูลครบถ้วน หากจะปรับปรุงก็ควรเสนอแนวทางให้ชัด ไม่ใช่สรุปปลายทางเพียงคำว่ายุบ เพราะเจ้าหน้าที่จำนวนมากทำงานร่วมกับจังหวัด ทหาร ตำรวจ พลเรือน และชุมชนในพื้นที่เสี่ยง” พล.อ.ชัยพฤกษ์ เผย
ส่วนกรณีมีการหยิบยกคดีลอบยิง ส.ส.พรรคประชาชาติ มาเชื่อมโยงกับการวิจารณ์ กอ.รมน.นั้น
พล.อ.ชัยพฤกษ์ มองว่า คดีอาญาควรเป็นหน้าที่ของพนักงานสอบสวน อัยการ และศาลพิจารณาตามพยานหลักฐาน ไม่ควรนำเหตุรุนแรงหรือความสูญเสียของประชาชนมาเป็นเครื่องมือทางการเมือง เพื่อโจมตีหน่วยงานใดหน่วยงานหนึ่งโดยรวม นอกจากนี้ ยังตั้งข้อสังเกตว่า พ.ต.อ.ทวี เคยดำรงตำแหน่งสำคัญหลายช่วง ทั้งในฝ่ายบริหารและหน่วยงานที่เกี่ยวข้องกับงานความมั่นคง หากเห็นปัญหาเชิงโครงสร้าง ควรเสนอแนวทางแก้ไขตั้งแต่ช่วงที่มีอำนาจหน้าที่โดยตรง เพราะการออกมาพูดภายหลังเมื่อพ้นตำแหน่งแล้ว ย่อมทำให้สังคมตั้งคำถามว่าเป็นข้อเสนอเพื่อปฏิรูปจริง หรือเป็นประเด็นทางการเมือง
“สิ่งที่ควรทำคือประเมินบทบาท กอ.รมน. อย่างเป็นธรรม จุดใดซ้ำซ้อนก็ปรับ จุดใดต้องเพิ่มประสิทธิภาพก็แก้ แต่ไม่ควรทำให้คนทำงานเพื่อประเทศเสียกำลังใจจากวาทกรรมทางการเมือง เพราะสุดท้ายผู้ได้รับผลกระทบคือประชาชนในพื้นที่” เลขาฯ กอ.รมน. กล่าว