ทางการญี่ปุ่นสั่งให้พลเมืองทุกคน โดยเฉพาะชาวเมืองอิชิคาริ, อาโอโมริ และฮอกไกโด ให้หาที่หลบภัยใต้ดินหรือในอาคาร หลังเกาหลีเหนือยิงขีปนาวุธรอบใหม่ ซึ่งพบว่าข้ามน่านฟ้าญี่ปุ่น ไปตกในมหาสมุทรแปซิฟิก เมื่อเช้าตรู่ของวันนี้ ตามเวลาท้องถิ่น โดยนับเป็นครั้งแรกที่รัฐบาลญี่ปุ่นประกาศเตือนอย่างเคร่งเครียดท่ามกลางเสียงสัญญาณเตือนภัยที่ดังระงม
ซึ่งการยิงขีปนาวุธของเกาหลีเหนือ ได้รับการยืนยันจากคณะเสนาธิการทหารร่วมของเกาหลีใต้ ทำให้รัฐบาลญี่ปุ่นรีบประกาศเตือนให้พลเมืองหาที่กำบัง และประกาศผ่านสถานีโทรทัศน์ว่าเป็น "ข้อมูลป้องกันภัยพลเรือน วันที่ 4 ตุลาคม เวลา 07.27 น."
ขณะที่บัญชีทวิตเตอร์บ้านพักนายกรัฐมนตรี (Prime Minister's Residence) ได้ยืนยันเมื่อเวลา 07.42 น. ว่า ขีปนาวุธไม่ได้ตกบนแผ่นดินญี่ปุ่น แต่ไปตกในมหาสมุทรแปซิฟิก
นายโยชิฮิเดะ ซูงะ นายกรัฐมนตรีญี่ปุ่น ประณามการยิงขีปนาวุธ 2 ลูก ของเกาหลีเหนือในทะเลญี่ปุ่นว่า เป็นการกระทำที่อุกอาจและเป็นภัยคุกคามต่อสันติภาพและความมั่นคงในภูมิภาค รวมทั้งยังเป็นการละเมิดมติของคณะมนตรีความมั่นคงแห่งสหประชาชาติ โดยวันนี้รัฐบาลญี่ปุ่นจะจัดประชุมสภาความมั่นคงแห่งชาติฉุกเฉิน ร่วมกับสหรัฐ และเกาหลีใต้