ในประเทศไทยเราสามารถพบพะยูนได้ทั้งฝั่งอ่าวไทยและฝั่งทะเลอันดามัน ทางอันดามันพบพะยูนกลุ่มเล็ก ๆ แพร่กระจายตั้งแต่ จ.ระนองลงไปถึงสตูล โดยมีพะยูนกลุ่มใหญ่ที่สุดบริเวณเกาะลิบง – เกาะมุก จ.ตรัง สำหรับฝั่งอ่าวไทยยังพบพะยูนกลุ่มเล็กๆ เหลือรอดใน จ.ระยอง ตราด ชุมพรและสุราษฎร์ธานี จำนวนประชากรพะยูนในประเทศไทยโดยรวมเหลืออยู่ไม่มากนัก
อ่านข่าวที่เกี่ยวข้อง >> ครบ 2 ปีสูญเสียพะยูนมาเรียม เร่งคุ้มครองทะเลตรัง
จากข้อมูลของกรมทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่ง ระบุว่า มีพะยูนในน่านน้ำไทยประมาณ 200-250 ตัว อย่างไรก็ตาม สิ่งที่น่ากังวล คือพะยูนยังคงมีอัตราการตายเฉลี่ยต่อปีสูงมาก โดยข้อมูลย้อนหลังพบว่ามีพะยูนตายไม่ต่ำกว่า 12 ตัวต่อปี หรือเฉลี่ยเดือนละหนึ่งตัว