การพิจารณาคดีซัดดัม ฮุสเซน เป็นดำเนินการโดยรัฐบาลเฉพาะกาลของอิรัก ในข้อหาเกี่ยวกับการก่ออาชญากรรมต่อมนุษยชาติระหว่างที่เขาดำรงตำแหน่ง โดยเมื่อวันที่ 9 ธันวาคม 2546 ฝ่ายบริหารเฉพาะกาลกองกำลังผสม มีมติให้จัดตั้งศาลพิเศษอิรัก (IST) ซึ่งประกอบด้วยผู้พิพากษาอิรัก 5 คน เพื่อดำเนินคดีกับซัดดัม ฮุสเซนและผู้ช่วยของเขาในข้อหาก่ออาชญากรรมสงครามอาชญากรรมต่อมนุษยชาติ และการฆ่าล้างเผ่าพันธุ์
ซัดดัม ฮุสเซน นั้นถูกจับหลังจากนั้นไม่กี่วัน โดยเขาถูกจับโดยกองกำลังสหรัฐฯ เมื่อ 13 ธันวาคม 2546 และถูกควบคุมตัวโดยกองกำลังสหรัฐฯ ที่ค่ายครอปเปอร์ในกรุงแบกแดด พร้อมด้วยเจ้าหน้าที่อาวุโสของพรรคบาธ 11 คน
การพิจารณาคดี ให้ความสนใจเป็นพิเศษกับกิจกรรมความรุนแรงที่รัฐบาลอิรักกระทำต่อชาวเคิร์ดทางภาคเหนือในระหว่างสงครามอิหร่าน-อิรัก และต่อชาวชีอะต์ทางตอนใต้ในปี 2534 และ 2542 ในการปราบปรามการจลาจล และที่เมืองดูจาอิล หลังจากที่ความพยายามลอบสังหารเขาล้มเหลวเมื่อวันที่ 8 กรกฎาคม 2525 ขณะที่ซัดดัมยืนยันในข้อแก้ต่างของเขาว่า “เขาถูกโค่นอำนาจอย่างผิดกฎหมาย และเขายังคงเป็นประธานาธิบดีของอิรัก”
การพิจารณาคดีแรกเริ่มต้นเมื่อ 19 ตุลาคม 2548 ในการพิจารณาคดีนี้ ซัดดัมและจำเลยอีก 7 คนถูกพิจารณาคดีในข้อหาก่ออาชญากรรมต่อมนุษยชาติเกี่ยวกับเหตุการณ์ที่เกิดขึ้นหลังจากการพยายามลอบสังหารเขาโดยสมาชิกของพรรคอิสลามิค ดาวาที่เมืองดูจาอิลที่ล้มเหลวในปี 2525 ส่วนการพิจารณาคดีที่สองเริ่มขึ้นเมื่อ 21 สิงหาคม 2549 เป็นการดำเนินคดีกับซัดดัมและจำเลยร่วม 6 คนในข้อหาฆ่าล้างเผ่าพันธุ์ในระหว่างการรณรงค์ทางการทหารกับชาวเคิร์ดทางเหนือของอิรัก
วันที่ 5 พฤศจิกายน 2549 ซัดดัมถูกตัดสินประหารชีวิตด้วยการแขวนคอ และ 26 ธันวาคม คำอุทธรณ์ของซัดดัมถูกปฏิเสธ จากนั้นก็ไม่มีการอุทธรณ์เพิ่มเติม และซัดดัมได้รับคำสั่งให้ประหารชีวิตภายใน 30 วันนับ จากวันนั้น สำหรับวันเวลาและสถานที่ของการประหารชีวิต ถูกเก็บเป็นความลับจนกว่าจะมีการดำเนินการแล้ว
ซัดดัม ฮุสเซนถูกประหารชีวิตด้วยการแขวนคอเมื่อวันที่ 30 ธันวาคม 2549 และจากการตายของเขา ข้อกล่าวหาอื่น ๆ ทั้งหมดถูกเพิกถอน
อย่างไรก็ดี นักวิจารณ์มองว่าการพิจารณาคดีของซัดดัม ฮุุสเซน ไม่เป็นไปตามมาตรฐานสากลด้านสิทธิ์ในการพิจารณาคดีอย่างยุติธรรม กลุ่มแอมเนสตี้ อินเตอร์เนชั่นแนลระบุว่าการพิจารณาคดี "ไม่ยุติธรรม" ส่วนกลุ่มฮิวแมนไรท์วอทช์บอกว่าการประหารชีวิตของซัดดัม "เป็นไปตามการพิจารณาคดีที่มีข้อบกพร่องและเป็นก้าวสำคัญที่ห่างไกลจากหลักนิติธรรมในอิรัก"
หลายเดือนก่อนที่การพิจารณาคดีจะเกิดขึ้น ซาเลม ชาลาบี อดีตหัวหน้าศาลพิเศษอิรัก กล่าวหา รักษาการนายกรัฐมนตรี อิยาด อัลลาวี ที่รีบเร่งให้ดำเนินการพิจารณาคดีและประหารชีวิต โดยระบุว่า “การแสดงการพิจารณาคดี ตามมาด้วยการประหารชีวิตอย่างรวดเร็ว อาจช่วยรัฐบาลชั่วคราวในทางการเมืองในระยะสั้น แต่จะเป็นการต่อต้านการพัฒนาประชาธิปไตยและหลักนิติธรรมในอิรักในระยะยาว”