การพิจารณาคดีซัดดัม ฮุสเซน เป็นดำเนินการโดยรัฐบาลเฉพาะกาลของอิรัก ในข้อหาเกี่ยวกับการก่ออาชญากรรมต่อมนุษยชาติระหว่างที่เขาดำรงตำแหน่ง โดยเมื่อวันที่ 9 ธันวาคม 2546 ฝ่ายบริหารเฉพาะกาลกองกำลังผสม มีมติให้จัดตั้งศาลพิเศษอิรัก (IST) ซึ่งประกอบด้วยผู้พิพากษาอิรัก 5 คน เพื่อดำเนินคดีกับซัดดัม ฮุสเซนและผู้ช่วยของเขาในข้อหาก่ออาชญากรรมสงครามอาชญากรรมต่อมนุษยชาติ และการฆ่าล้างเผ่าพันธุ์
ซัดดัม ฮุสเซน นั้นถูกจับหลังจากนั้นไม่กี่วัน โดยเขาถูกจับโดยกองกำลังสหรัฐฯ เมื่อ 13 ธันวาคม 2546 และถูกควบคุมตัวโดยกองกำลังสหรัฐฯ ที่ค่ายครอปเปอร์ในกรุงแบกแดด พร้อมด้วยเจ้าหน้าที่อาวุโสของพรรคบาธ 11 คน
การพิจารณาคดี ให้ความสนใจเป็นพิเศษกับกิจกรรมความรุนแรงที่รัฐบาลอิรักกระทำต่อชาวเคิร์ดทางภาคเหนือในระหว่างสงครามอิหร่าน-อิรัก และต่อชาวชีอะต์ทางตอนใต้ในปี 2534 และ 2542 ในการปราบปรามการจลาจล และที่เมืองดูจาอิล หลังจากที่ความพยายามลอบสังหารเขาล้มเหลวเมื่อวันที่ 8 กรกฎาคม 2525 ขณะที่ซัดดัมยืนยันในข้อแก้ต่างของเขาว่า “เขาถูกโค่นอำนาจอย่างผิดกฎหมาย และเขายังคงเป็นประธานาธิบดีของอิรัก”