สำหรับโรคที่พบในช่วงสถานการณ์น้ำท่วม ได้แก่ โรคติดเชื้อทางเดินอาหาร เช่น โรคท้องร่วงจากการติดเชื้อจากอาหารเป็นพิษ โรคเล็บโตสไปโรสิส (หรือโรคฉี่หนู) โรคตาแดง เป็นโรคที่มีเยื่อบุตาขาวอักเสบจากเชื้อไวรัสที่แพร่ระบาดได้อย่างรวดเร็วและติดต่อง่าย โดยจะแพร่กระจายเชื้อสู่บุคคลรอบข้างได้ด้วยการสัมผัส ผู้ป่วยจะมีอาการตาแดง เคืองตา อาจมีต่อมน้ำเหลืองที่กกหูโตและกดเจ็บ มีไข้ต่ำๆ เจ็บคอ ปวดเมื่อยกล้ามเนื้อและโรคผิวหนังที่เกิดจากการประสบภัยน้ำท่วม ได้แก่ โรคผิวหนังจากการสัมผัสกับสารเคมี สิ่งสกปรก หรือติดเชื้อที่ผิวหนัง ไม่ว่าจะเป็นเชื้อแบคทีเรีย เชื้อราหรือหนอนพยาธิ โรคผิวหนังจากแมลงสัตว์มีพิษกัดต่อย และโรคน้ำกัดเท้า เมื่อเดินย่ำน้ำบ่อย ๆ หรือยืนแช่น้ำนาน ๆ จะทำให้เท้าเปื่อย โดยเฉพาะบริเวณซอกเท้า ซึ่งบริเวณผิวหนังที่เปื่อยนี้ เป็นจุดอ่อนทำให้เชื้อโรคที่มากับน้ำเข้าสู่ร่างกายได้ง่ายมากขึ้น
ทั้งนี้อธิบดีกรมการแพทย์ ได้แนะนำว่า ขอให้ประชาชนแต่ละบ้าน ควรมีน้ำสะอาดเพื่อใช้อุปโภคหรือบริโภค ถ้าหาแหล่งน้ำสะอาดไม่ได้ควรต้มน้ำให้เดือดก่อนใช้อย่างน้อย 10 นาที ถ้าอาศัยอยู่ใกล้แหล่งโรงงานอุตสาหกรรมหรือแหล่งสารเคมี พึงระลึกเสมอว่าแหล่งน้ำดังกล่าวอาจปนเปื้อนสารเคมี ซึ่งความร้อนไม่สามารถทำให้น้ำสะอาดพอสำหรับการบริโภคได้ จึงควรจัดหาน้ำสะอาดไว้ใช้ในครัวเรือนให้เพียงพอ เพื่อป้องกันโรคติดเชื้อทางเดินอาหาร สำหรับการป้องกันโรคตาแดง หมั่นล้างมือบ่อยๆ ด้วยสบู่ เพราะมือที่มีเชื้อโรคจะแพร่กระจายเชื้อได้เป็นอย่างดี ไม่ขยี้ตาหรือเช็ดตาแรงๆ และไม่ควรซื้อยามาหยอดตาเองหรือใช้ยาหยอดตาร่วมกับผู้อื่น