แต่เนื่องจากเชื้อไวรัส SARS-CoV-2 เป็นเชื้อไวรัสอุบัติใหม่ ที่รู้จักเมื่อปลายปี 2562 ดังนั้นจึงมีการวิเคราะห์ข้อมูลในเชิงวิวัฒนาการระดับโมเลกุล เพื่อค้นหาแหล่งที่มาของเชื้อชนิดนี้ มีการศึกษาจำนวนมากที่พยายามพิสูจน์ว่า เชื้อไวรัส SARS-CoV-2 มีสารรหัสพันธุกรรม รวมถึงจีโนมคล้ายกับเชื้อไวรัสโคโรน่าของค้างคาว ผลการวิเคราะห์จากนักวิจัยหลายแหล่งข้อมูล ชี้ตรงกันว่าลำดับนิวคลีโอไทด์จากชิ้นส่วนของยีนสำคัญๆ ของเชื้อไวรัส SARS-CoV-2 มีวิวัฒนาการใกล้ชิดกับเชื้อไวรัสโคโรน่าที่แยกจากค้างคาว เนื่องจากเชื้อทั้ง 2 ชนิดนี้ มีบรรพบุรุษร่วมกัน(common ancestor)ทำให้อนุมานได้ว่าเชื้อไวรัส SARS-CoV-2 น่าจะวิวัฒนาการมาจากการกลายพันธุ์ ซึ่งทำให้เชื้อมีความสามารถที่จะจับกับโมเลกุลตัวรับบนเซลล์มนุษย์ จนทำให้เกิดการติดเชื้อไปสู่คนในที่สุด
ทีมวิจัยยังพบว่า การศึกษาเกี่ยวกับจีโนไทป์(genotyping)หรือข้อมูลทางพันธุกรรมของเชื้อไวรัส เป็นส่วนสำคัญที่จะช่วยให้เข้าใจการระบาดของเชื้อและสามารถช่วยวางนโยบายในการป้องกันการระบาดของโรคได้ด้วย ในทางทฤษฎีการศึกษาจีโนไทป์ของสิ่งมีชีวิตชนิดใดๆ ควรเริ่มต้นจากการเข้าใจวิวัฒนาการเชิงโมเลกุลของสิ่งมีชีวิตชนิดนั้นก่อน ในกรณีของเชื้อไวรัส SARS-CoV-2 ก็เช่นเดียวกัน
อย่างไรก็ตามการสร้างแผนภูมิที่แสดงถึงสายวิวัฒนาการphylogenetic tree เพื่อศึกษาระบาดวิทยาโมเลกุล และความหลากหลายทางชีวภาพของไวรัส ยังเป็นความต้องการของประเทศอย่างมาก เนื่องจากจะช่วยให้เห็นรูปแบบการระบาดของเชื้อแล้วยังมีบทบาทต่อการวางนโยบายทางสาธารณสุขเพื่อป้องกันต่อไป”