26 เมษายน 2564 สุรพงษ์ เลาหะอัญญา กรรมการผู้อำนวยการใหญ่ บริษัท ระบบขนส่งมวลชนกรุงเทพ จำกัด (มหาชน) ได้ชี้แจงความคืบหน้า เรื่อง "การดำเนินงานโครงการรถไฟฟ้าสายสีเขียว" ว่า สืบเนื่องจากบริษัทฯ ส่งหนังสือติดตามทวงถามตามกฎหมายให้กรุงเทพมหานคร และบริษัท กรุงเทพธนาคม จำกัด ชำระหนี้แก่บริษัทฯ ซึ่งปรากฏในสื่อ และหนังสือพิมพ์เป็นจำนวนมาก ซึ่งเมื่อครบกำหนดระยะเวลา 60 วัน ตามที่บริษัทฯ ได้ระบุไว้ในหนังสือทวงถามนั้น บริษัทฯ ก็ยังไม่ได้รับแจ้งถึง แนวทางการชำระหนี้ทั้งหมดหรือบางส่วนจากภาครัฐแต่อย่างใด
และต่อมาเมื่อวันที่ 7 เมษายน 2564 บริษัทฯ ได้ออกจดหมายและคลิปวีดีโอชี้แจงข้อเท็จจริงที่เกิดขึ้นเกี่ยวกับการเดินรถไฟฟ้าสายสีเขียวให้ผู้โดยสาร และประชาชนทั่วไปรับทราบ โดยบริษัทฯ ยืนยันว่าการใช้สิทธิทางกฎหมายที่ผ่านมา บริษัทฯ ไม่เคยกระทำการใดๆ ที่ส่งผลกระทบหรือเรียกร้องให้ภาครัฐใช้อำนาจตามกฎหมายกำหนดอัตราค่าโดยสารเพิ่มขึ้น ณ ปัจจุบัน ทางบริษัทฯ กำลังประสบปัญหาอย่างมาก จากการต้องแบกรับภาระหนี้จำนวนมากเป็นระยะเวลานานกว่า 4 ปี นับตั้งแต่เดือนเมษายน 2560 ที่เริ่มเปิดให้บริการรถไฟฟ้าสายสีเขียวส่วนต่อขยายที่ 2 (ช่วงหมอชิต-สะพานใหม่-คูคต และช่วงแบริ่ง-สมุทรปราการ) เพื่อสนับสนุนนโยบายของรัฐบาลที่ต้องการช่วยเหลือแบ่งเบาภาระค่าโดยสารให้แก่ประชาชน
โดยตลอดเวลาที่ผ่านมา บริษัทฯ ได้พยายามติดต่อกรุงเทพมหานคร และบริษัท กรุงเทพธนาคม จำกัด เพื่อหาทางออกกับปัญหาที่เกิดขึ้น แต่ก็ยังไม่มีความชัดเจนถึงแนวทางการชำระหนี้ ทำให้ ณ ปัจจุบัน ภาระหนี้สะสมที่ภาครัฐบาลมีต่อบริษัทฯ เพิ่มขึ้นสูงกว่า 30,000 ล้านบาท (ประกอบด้วยหนี้ค่าจ้างเดินรถตั้งแต่เดือนเมษายน 2560 จนถึงเดือนมีนาคม 2564 จำนวน 10,903 ล้านบาท และหนี้ค่าซื้อระบบการเดินรถ (ไฟฟ้าและเครื่องกล) จำนวน 20,768 ล้านบาท) และล่าสุดตามที่เป็นข่าวของการประชุมสภา กทม.เมื่อวันที่ 21 เมษายน 2564 ที่ผ่านมา สภา กทม. ได้ปฏิเสธการใช้งบประมาณ ของกทม.มาชำระหนี้ดังกล่าว และได้เสนอทางเลือกให้กับฝ่ายบริหารในการขอให้รัฐบาลสนับสนุนหรือร่วมลงทุนกับเอกชน ตามแนวทางของคำสั่ง คสช.