แต่จากการตรวจสอบพบว่า ภายในสวนสัตว์สงขลา มีปัญหาความขัดแย้งภายใน และมีข้อกล่าวหาเรื่องทุจริตเกิดขึ้นจริง โดยมีการร้องเรียนไปถึงสำนักงานคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตในภาครัฐ หรือ ป.ป.ท. เขตพื้นที่ 9 ซึ่งรับผิดชอบภาคใต้ตอนล่างด้วย
เรื่องร้องเรียนนี้เกิดขึ้นตั้งแต่ปี 2561 สำนักงาน ป.ป.ท.เขตพื้นที่ 9 ได้รับเรื่องกล่าวหาคณะผู้บริหารสวนสัตว์สงขลา กระทำการทุจริตต่อตำแหน่งหน้าที โดยมีพฤติการณ์ที่สำคัญ 3 เรื่อง คือ
1. ทุจริตโครงการปรับปรุงแหล่งน้ำภายในสวนสัตว์สงขลา ปีงบประมาณ 2559 วงเงิน 48,900,000 บาท
2. นำทรัพย์สินของสวนสัตว์สงขลาไปขาย แล้วนำเงินมาใช้ประโยชน์ส่วนตัว
3. มีการแสวงหาผลประโยชน์ส่วนตัว เอื้อประโยชน์ประโยชน์ต่อพวกพ้อง มีส่วนได้ส่วนเสียกับบุคคลภายนอก
หลังรับเรื่องมาแล้ว ทางสำนักงาน ป.ป.ท.เขตพื้นที่ 9 ตรวจสอบข้อเท็จจริงเบื้องต้น พบว่ามีมูล จึงส่งเรื่องต่อไปยังสำนักงาน ป.ป.ช. หรือคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติ จากนั้นสำนักงาน ป.ป.ช.ส่วนกลาง ได้ส่งเรื่องไปให้ ป.ป.ช.จังหวัดสงขลา ไต่สวนต่อ
ผลการไต่สวนเบื้องต้นประกอบข้อกล่าวหา พบว่า การดำเนินโครงการปรับปรุงแหล่งน้ำภายในสวนสัตว์สงขลา ผู้รับเหมาไม่ได้ดำเนินการตามรายละเอียดที่ระบุไว้ในสัญญา เช่น ไม่มีการบดอัดดินบริเวณคันสระน้ำ ทำให้เกิดการทรุดตัวของดินที่ถม / งานปูผ้ายาง ก็มีการปูผ้ายางเพียงครึ่งเดียวของคันสระน้ำ คือครึ่งด้านบน ไม่มีการปูผ้ายางบริเวณท้องสระ และครึ่งสระด้านล่าง ทำให้ไม่สามารถกักเก็บน้ำได้ 100% และไม่สามารถเก็บกักน้ำได้ตามวัตถุประสงค์