จุดเริ่มต้นของ'โรงเรียนสารสาสต์' เกิดขึ้นในปี พ.ศ. 2536 ในชื่อ 'สารสาสน์พิทยา' มีการเปิดสอนแผนกสองภาษาไทย-อังกฤษ เรียกว่า EXTRA CLASS เป็นชั้นเรียนพิเศษที่จัดการเรียนการสอนด้วยภาษาอังกฤษมากกว่าชั้นเรียนอื่นๆ และสอนโดยมีครูชาวต่างประเทศเพื่อให้นักเรียนได้เรียนรู้ภาษาอังกฤษอย่างถูกต้องและถูกวิธีจากครูผู้สอนที่เป็นเจ้าของภาษา
ต่อมามาในปี พ.ศ. 2537 Catholic Education Center, Brisbane ประเทศออสเตรเลีย ได้ส่งบุคลากรมาให้ความช่วยเหลือในด้านการพัฒนาหลักสูตร การจัดการเรียนการสอน และประสานงานในการจัดหาครูผู้สอน เพื่อสร้างผลสัมฤทธิ์ในการเรียน และในปี พ.ศ. 2538 แผนกสองภาษา EXTRA CLASS ได้แยกออกมาจัดตั้งเป็น "โรงเรียนสารสาสน์เอกตรา" ที่วันนี้เปิดการเรียนการสอนมาถึงปีปัจจุบัน
โรงเรียนสารสาสน์เอกตราเป็นโรงเรียนหนึ่งในกลุ่มโรงเรียนเครือสารสาสน์ ที่มีอยู่ ทั้งหมด 45 โรงเรียน (ข้อมูลปี พ.ศ.2562) เป็น โรงเรียนแห่งแรกในประเทศไทยที่จัดการเรียนการสอน โดยใช้ ภาษาอังกฤษเป็นสื่อการสอน ในลักษณะสองภาษา ไทย-อังกฤษ(BILINGUAL Thai-English) ซึ่งได้รับอนุญาตจากสำนักงานคณะกรรมการส่งเสริมการศึกษาเอกชน กระทรวงศึกษาธิการให้ดำเนินการสอน เมื่อปี พ.ศ. 2538 หลังจากได้รับอนุญาต โรงเรียนได้มีการพัฒนาในด้านวิชาการและส่งเสริมศักยภาพนักเรียนในด้านต่างๆอย่างต่อเนื่อง