จากพยานหลักฐานข้อเท็จจริงฟังได้ว่า การพิจารณาอนุญาตของกรมอุตสาหกรรมพื้นฐานและการเหมืองแร่ เมื่อวันที่ 11 มีนาคม 2554 ที่ให้บริษัท อัครา ไมนิ่ง จำกัด เปลี่ยนแปลงแผนผังโครงการทำเหมือง ซึ่งรวมถึงการย้ายตำแหน่งที่ตั้งบ่อกักเก็บกากแร่แห่งที่ 2 เป็นคำสั่งที่ไม่ชอบด้วยกฎหมาย ดำเนินการ ไม่ถูกต้องตามขั้นตอนหรือวิธีการอันเป็นสาระสำคัญ ไม่ปฏิบัติตามมาตรการป้องกันและแก้ไขผลกระทบสิ่งแวดล้อมและมาตรการติดตามตรวจสอบคุณภาพสิ่งแวดล้อมของรายงานการวิเคราะห์ผลกระทบสิ่งแวดล้อม (EIA) โดยการปฏิบัติหรือละเว้นไม่สั่งการตามอำนาจหน้าที่ให้บริษัทฯ เสนอรายละเอียดเกี่ยวกับการเปลี่ยนแปลงพร้อมกับมาตรการป้องกันที่สอดคล้องกับการเปลี่ยนแปลงดังกล่าว ให้คณะกรรมการผู้ชำนาญการฯ พิจารณาให้ความเห็นชอบด้านสิ่งแวดล้อมก่อนอนุญาตให้บริษัท อัครา ไมนิ่ง จำกัด เปลี่ยนแปลงแผนผังในวันที่ 11 มีนาคม 2554 ตามที่มาตรการป้องกันและแก้ไขผลกระทบสิ่งแวดล้อม ได้กำหนดไว้
กระทำการโดยไม่คำนึงถึงผลกระทบที่อาจมีต่อสิ่งแวดล้อมจากการเปลี่ยนแปลงขนาดบ่อกักเก็บกากแร่ที่ใหญ่กว่าเดิม และเปลี่ยนแปลงตำแหน่งสถานที่ก่อสร้างบ่อกักเก็บกากแร่แห่งที่ 2 (TSF2) ทั้งที่บ่อกักเก็บกากแร่ มีความสำคัญต่อสิ่งแวดล้อมและประชาชนในพื้นที่เป็นอย่างมากเนื่องจากเป็นสถานที่ทิ้งกากแร่ในการประกอบโลหกรรมซึ่งมีสารไซยาไนด์และสารเคมีต่างๆ ในการประกอบโลหกรรม และมีขนาดพื้นที่กว่า 1,351 ไร่ โดยเปลี่ยนไปก่อสร้าง ณ สถานที่เพื่อการเก็บขังน้ำขุ่นข้นหรือมูลดินทราย ซึ่งเป็นสถานที่ที่เกี่ยวกับขั้นตอนการ ทำเหมือง เช่น การเปิดเปลือกดินและขุดตักสินแร่ทองคําที่เป็นเพียงสถานที่เก็บเศษหิน ดิน ตะกอน ในการขุดเจาะเหมืองเท่านั้น เห็นได้ชัดว่าสถานที่ทั้งสองแห่งมีความแตกต่างกันในสาระสำคัญของการใช้งานและผลกระทบที่จะมีต่อสิ่งแวดล้อม ดังนั้น ย่อมแตกต่างกัน ในข้อเท็จจริงที่เกี่ยวกับสภาพแวดล้อม แหล่งน้ำ พื้นที่ทำกิน ที่ตั้งชุมชน และวิถีการดำเนินชีวิตของประชาชนในพื้นที่ ที่ผู้พิจารณาด้านสิ่งแวดล้อมใช้ในการพิจารณาอนุญาตให้ใช้สถานที่ทั้งสองแห่งดังกล่าว เป็นการกระทำเพื่อเอื้อประโยชน์ให้บริษัท อัครา ไมนิ่ง จำกัด สามารถเริ่มกระบวนการก่อสร้างบ่อกักเก็บกากแร่แห่งที่ 2 (TSF2) หลังจากได้รับอนุญาตในทันทีเพื่อให้แล้วเสร็จได้ทันรองรับกากแร่จากบ่อกักเก็บกากแร่แห่งที่ 1 ที่กำลังจะปิดตัวลงเนื่องจากได้พัฒนามาจนถึงที่ได้ยื่นแบบอนุมัติไปแล้วอันเป็นการลดความเสี่ยงในการประกอบโลหกรรมของบริษัท อัครา ไมนิ่ง จำกัด ซึ่งหากกระบวนการก่อสร้างและเปิดใช้งานบ่อกักเก็บกากแร่แห่งที่ 2 (TSF2) ไม่สามารถดำเนินการให้แล้วเสร็จได้ทันเพื่อรองรับกากแร่ต่อจากบ่อกักเก็บกากแร่แห่งที่ 1 (TSF1)จะทำให้เกิดปัญหาในกระบวนการประกอบโลหกรรมซึ่งเป็นรายได้หลักของบริษัท อัครา ไมนิ่ง จำกัด ซึ่งอาจทำให้ทางบริษัท อัครา ไมนิ่ง จำกัด ไม่สามารถดำเนินกระบวนการประกอบโลหกรรมต่อไปได้ และจงใจหลีกเลี่ยงขั้นตอนการตรวจสอบจากสำนักงานนโยบายและแผนทรัพยากรธรรมชาติ และสิ่งแวดล้อม (สผ.) ซึ่งเป็นหน่วยงานที่มีหน้าที่โดยตรงในการตรวจสอบและมีความเชี่ยวชาญในการพิจารณา ผลกระทบด้านสิ่งแวดล้อมและเสนอมาตรการต่างๆ เพื่อป้องกันผลกระทบที่จะเกิดกับประชาชน มิให้มีโอกาสได้เสนอความเห็นและเพิ่มมาตรการต่างๆ ตามข้อเท็จจริงที่จะได้จากการตรวจสอบ
การกระทำดังกล่าวของผู้ถูกกล่าวหาอาจสร้างความเสียหายให้เกิดแก่สิ่งแวดล้อม ทรัพยากรธรรมชาติและสร้างปัญหาทางด้านสุขภาพอนามัยของประชาชนในพื้นที่ใกล้เคียงอย่างร้ายแรงได้ เพราะเมื่อขนาดและสถานที่ก่อสร้างบ่อทิ้งเก็บกากแร่แห่งที่ 2 (TSF2) เปลี่ยนแปลงไปจากเดิมย่อมมีผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อมที่เปลี่ยนไปหรือแตกต่างไปจากรายงานการวิเคราะห์ผลกระทบสิ่งแวดล้อมฉบับเดิมที่เคยได้รับความเห็นชอบไว้ และเป็นการกระทำที่ก่อให้เกิดความเสียหายต่อระบบราชการ กรมอุตสาหกรรมพื้นฐานและการเหมืองแร่ และสำนักงานนโยบายและแผนทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม
คณะกรรมการ ป.ป.ช. พิจารณาแล้วมีมติว่า การกระทำของนายสมเกียรติ ภู่ธงชัยฤทธิ์ ผู้ถูกกล่าวหาที่ 1 นายสัจจาวุธ นาคนิยม ผู้ถูกกล่าวหาที่ 2 นายชาติ หงส์เทียมจันทร์ ผู้ถูกกล่าวหาที่ 3 และนายคันธศักดิ์ แข็งแรง ผู้ถูกกล่าวหาที่ 4 มีมูลความผิดทางอาญา ฐานเป็นเจ้าพนักงาน ปฏิบัติหรือละเว้นการปฏิบัติหน้าที่โดยมิชอบ เพื่อให้เกิดความเสียหายแก่ผู้หนึ่งผู้ใด หรือปฏิบัติหรือละเว้นการปฏิบัติหน้าที่โดยทุจริต ตามประมวลกฎหมายอาญา มาตรา 157 และมีมูลความผิดทางวินัยอย่างร้ายแรง ฐานปฏิบัติหรือละเว้นการปฏิบัติหน้าที่ราชการโดยมิชอบ เพื่อให้เกิดความเสียหายอย่างร้ายแรงแก่ผู้หนึ่งผู้ใด หรือปฏิบัติหรือละเว้นการปฏิบัติหน้าที่ราชการโดยทุจริต ตามพระราชบัญญัติระเบียบข้าราชการพลเรือน พ.ศ. 2551 มาตรา 85 (1)การกระทำของบริษัท อัครา ไมนิ่ง จำกัด หรือบริษัท อัครา รีซอร์สเซส จำกัด (มหาชน) ผู้ถูกกล่าวหา ที่ 6 และนายปกรณ์ สุขุม เมื่อครั้งดำรงตำแหน่งกรรมการผู้จัดการ บริษัท อัครา ไมนิ่ง จำกัด ผู้ถูกกล่าวหาที่ 7 มีมูลความผิดทางอาญา ฐานเป็นผู้สนับสนุนเจ้าพนักงาน ปฏิบัติหรือละเว้นการปฏิบัติหน้าที่โดยมิชอบ เพื่อให้เกิดความเสียหาย แก่ผู้หนึ่งผู้ใด หรือปฏิบัติหรือละเว้นการปฏิบัติหน้าที่โดยทุจริต ตามประมวลกฎหมายอาญามาตรา 157 ประกอบมาตรา 86
ส่วนนายกำภู คุณารักษ์ ผู้ถูกกล่าวหาที่ 5 ไม่ปรากฏข้อเท็จจริงและพยานหลักฐานที่จะฟังได้ว่าได้กระทำความผิดตามที่กล่าวหา ข้อกล่าวหาไม่มีมูล ให้ข้อกล่าวหาตกไป