ต่อมา จำเลยยื่นอุทธรณ์และได้รับประกันตัวไปวงเงินประกัน 500,000 บาท ซึ่งคดีมีการอ่านคำพิพากษาของ ศาลอุทธรณ์แผนกคดีทุจริตและประพฤติมิชอบ เมื่อวันที่ 28 ก.พ.62 พิพากษายืนตามศาลชั้นต้นที่ลงโทษจำคุก 2 ปีโดยไม่รอลงอาญา โดยศาลอุทธรณ์ฯ เห็นว่าการที่จำเลยขณะดำรงตำแหน่งรักษาการปลัดมหาดไทยแล้วมีคำสั่งให้เพิกถอนมติอธิบดีกรมที่ดินเรื่องที่ดินอัลไพน์เป็นที่ธรณีสงฆ์โดยไม่นำความเห็นของคณะกรรมการกฤษฎีกาซึ่งมีแนวทางวินิจฉัยไว้แล้วมาพิจารณาประกอบเป็นการปฏิบัติหน้าที่มิชอบและโดยทุจริต ทั้งที่แนวทางปฏิบัติเมื่อคณะกรรมการกฤษฎีกามีความเห็นมาแล้วฝ่ายบริหารจะให้หน่วยราชการยึดถือปฏิบัติธรรมเพื่อการบริหารราชการแผ่นดินในมาตรฐานทางเดียวกัน เพราะมิเช่นนั้นในแต่ละยุคสมัยจะมีความเห็นต่างกันสร้างความเสียหายแก่ระบบบริหารราชการแผ่นดินได้
ขณะที่ นายยงยุทธ จำเลย ได้ยื่นขออนุญาตฎีกา ตาม พ.ร.บ.วิธีพิจารณาคดีทุจริตและประพฤติมิชอบ พ.ศ.2559 ตามมาตรา 42, 44, 46 ที่บัญญัติว่า คำพิพากษาของศาลอุทธรณ์แผนกคดีทุจริตและประพฤติมิชอบให้เป็นที่สุด หากคู่ความประสงค์จะฎีกาจะต้องยื่นคำร้องแสดงเหตุที่ศาลฎีกาควรรับฎีกาไว้พิจารณา ซึ่งระหว่างยื่นขออนุญาตฎีกาดังกล่าว จำเลยได้ประกันตัวไปด้วยหลังทรัพย์มูลค่า 900,00 บาทพร้อมเงื่อนไขห้ามเดินทางออกนอกประเทศเว้นแต่จะได้รับอนุญาตจากศาล
ซึ่งวันนี้ นายยงยุทธ จำเลย เดินทางมาศาลพร้อมฟังคำสั่งศาลฎีกาแผนกคดีคำสั่งคำร้องและขออนุญาตฎีกาในศาลฎีกา
ขณะที่ ศาลฎีกาแผนกคดีคำสั่งคำร้องฯ ตรวจสำนวนประชุมปรึกษาแล้วเห็นว่า คำร้องขอฎีกาของนายยงยุทธ จำเลยไม่ได้แสดงถึงปัญหาข้อเท็จจริง หรือปัญหาข้อกฎหมายที่ขออนุญาตฎีกา ตาม พ.ร.บ.วิธีพิจารณาคดีทุจริตและประพฤติมิชอบ พ.ศ.2559 ตามมาตรา 47 และข้อบังคับของประธานศาลฎีกาว่าด้วยวิธีการดำเนินคดีทุจริตและประพฤติมิชอบ พ.ศ.2559 ข้อ 28 (1) จึงมีคำสั่งไม่อนุญาตให้จำเลยฎีกา โดยให้ยกคำร้องและไม่รับฎีกาของจำเลย
ผู้สื่อข่าวรายงานว่า เมื่อศาลฎีกาแผนกคดีคำสั่งคำร้องฯไม่รับฎีกาของจำเลยแล้ว ตามขั้นตอนกฎหมายผลคำพิพากษาคดีนี้จึงถึงที่สุดตามคำพิพากษาของศาลอุทธรณ์ที่พิพากษายืนจำคุก 2 ปีโดยไม่รอลงอาญา โดยเมื่อเวลา 12.00 น.เศษ ศาลได้ออกหมายคดีถึงที่สุด ซึ่งเจ้าหน้าที่ราชทัณฑ์จะได้ควบคุมตัว นายยงยุทธ จำเลยไปคุมขังยังเรือนจำพิเศษกรุงเทพฯ เพื่อรับโทษตามคำพิพากษาศาลอุทธรณ์
ทั้งนี้ สำหรับ พ.ร.บ.วิธีพิจารณาคดีทุจริตและประพฤติมิชอบ พ.ศ.2559 เกี่ยวกับการขออนุญาตฎีกา ในมาตรา 47 บัญญัติว่า หลักเกณฑ์และวิธีการในการยื่นคำร้อง การพิจารณาวินิจฉัย และระยะเวลาในการพิจารณาคำร้องตามมาตรา 44 การตรวจรับฎีกา การแก้ฎีกา การพิจารณา และการพิพากษาคดีให้เป็นไปตามข้อบังคับของประธานศาลฎีกา
ส่วน ข้อบังคับของประธานศาลฎีกาว่าด้วยวิธีการดำเนินคดีทุจริตและประพฤติมิชอบ พ.ศ.2559 ข้อ 28 นั้นก็ระบุว่า คำร้องแสดงเหตุที่ศาลฎีกาควรรับฎีกาไว้พิจารณา ต้องแสดงถึง (1) ปัญหาข้อเท็จจริงหรือปัญหาข้อกฎหมายที่ขออนุญาตฎีกา (2) ปัญหาที่ขออนุญาตฎีกานั้นเป็นปัญหาสำคัญดังที่บัญญัติไว้ในมาตรา 46 หรือในข้อบังคับนี้ ซึ่งศาลฎีกาควรรับวินิจฉัย