แต่โครงการต้องสะดุด เมื่อบริษัทโฮปเวลล์ไม่สามารถส่งมอบโครงการได้ทันกำหนดมีการตรวจสอบโครงการในสมัยรัฐบาล นายอานันท์ ปันยารชุน ต่อมารัฐบาลนายชวน หลีกภัย ได้ผลักดันต่อโดยมีพันเอกวินัย สมพงษ์ รัฐมนตรีกระทรวงคมนาคม
ถึงปี 2540 สมัยรัฐบาลพลเอกชวลิต ยงใจยุทธ ได้ประกาศยกเลิกสัญญากับโฮปเวลล์อย่างเป็นทางการ ทำให้โฮปเวลล์ ฟ้องกลับเรียกค่าเสียหายหลังถูกเลิกสัญญา ด้วยวงเงินกว่า 56,000 ล้านบาท ที่นำมาลงทุนในโครงการนี้ ขณะนั้นการรถไฟแห่งประเทศไทย ซึ่งเป็นคู่สัญญาก็ฟ้องกลับเรียกค่าเสียหายด้วยวงเงิน 200,000 ล้านบาท จนกลายเป็นคดีความยืดเยื้อมาถึง 29 ปี
ที่สุด 22 เมษายน 2562 ศาลปกครองสูงสุดตัดสินให้รัฐเสียชดใช้ให้โฮปเวลล์เป็นเงินจำนวน 11,888 ล้านบาท พร้อมดอกเบี้ยร้อยละ 7.5 ต่อปี รวมถึงค่าธรรมเนียมศาล ภายใน 180 วัน นับแต่ศาลปกครองสูงสุดมีคำพิพากษา